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1、操作條件及應用范圍不同：對于氣相色譜，是加溫操作。僅能分析在操作溫度下能汽化而不分解的物質，對高沸點化合物、非揮發性物質、熱不穩定化合物、離子型化合物及高聚物的分離、分析較為困難，致使其應用受到一定程度的限制，據統計只有大約20%的機物能用氣相色譜分析。而液相色譜是常溫操作，不受樣品揮發度和熱穩定性的限制，它非常適合相對分子量較大，難汽化，不易揮發或對熱敏感的物質、離子型化合物和高聚物的分離分析，大約占有機物的70%~80%。

2、由于液體的擴散性比氣體的小，因此，溶質在液相中的傳質速率慢，柱外效應就顯得特別重要；而在氣相色譜中，由色譜柱外區域引起的擴張可以忽略不計。

3、液相色譜中，制備樣品簡單，回收樣品也比較容易，而且回收是定量的，適合于大量制備，但液相色譜尚缺乏通用的檢測器，一起比較復雜，價格昂貴。在實際應用中，這兩種技術是相互補充的。

4、液相色譜能完成難度較高的分離工作

1）氣相色譜的流動相載氣是色譜惰性的，基本不參與分配平衡過程，與樣品分子無親和作用，樣品分子主要與固定相相互作用。而在液相色譜中流動相液體也與固定相爭奪樣品分子，為提高選擇性增加了一個因素。也可選擇不同比例的兩種或兩種以上的液體做流動相，增加分離的選擇性。

2）液相色譜固定相類型多，如離子交換色譜和排阻色譜等，作為分析時，選擇余地大；而氣相色譜并不可能。

3）液相色譜通常在室溫下操作，較低的溫度，一般有利于色譜分離條件的選擇。

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解決高效液相色譜儀峰面積差別大的問題

　　高效液相色譜儀分析中進樣基線很好，保留時間能鎖定，壓力也穩定，但是峰面積差別很大，大概有2倍的差別，這種情況出現的原因可能是多方面的，建議采用以下方法解決：　　1、調換一根新色譜柱，如果情況一樣，則排除柱子的原因?！　?、將在線過濾器拆下，用超聲波清洗，如果結果一樣，說明與在線過濾器無關。　　3、考慮是不是進樣閥有問題或者定量環堵。建議多進幾針樣品，看是否有規律，如果沒有規律，應檢查一下進樣器的其他部位，如果是進樣器系統出現問題，應盡快解決之?！　?、對進樣器清洗一下，清洗干凈后一針空白，再進樣，看看結果如何，如果有明顯減少，那可能是進樣器污染，有樣品殘留在進樣閥體內，在切換的過程中被流動相帶入色譜柱?！　?、考慮樣品溶液是否均勻。建議同一個濃度連續進樣5次，看一下結果如何變化，有沒有規律；如果是樣品溶液不均勻，可以再攪拌一下?！　?、考慮光源是不是正常?！　?、考慮濃度是否在線性范圍內。有時候定量時濃度太高或太低都會產生較大的分析誤差?！　?、考慮取樣方式是否正確，每次取樣后是否對針頭外面的附著液進行清除?！　?、高效液相色譜儀的計算機軟件編制可能存在問題。對比可以適當改變軟件。