根據廢水的排放特點、水質特點及要求的排放要求，確定工藝分三個部分：首先是預處理，去除水中的懸浮物和浮油，降低后續處理的負荷并防止后續處理（尤其是生化處理）單元堵塞而影響處理效果，采用物化的方法；二是生化處理，這是整個處理工藝的核心，通過微生物的新陳代謝作用，分解廢水中溶解性有機物；三是深度處理，采用物化方法，進一步除去水中的污染物，以保證出水達標排放。
1、預處理
    畜禽養殖廢水無論以何種工藝或綜合措施進行處理，都要采取一定的預處理措施。通過預處理可使廢水污染物負荷降低，同時防止大的固體或雜物進入后續處理環節，造成設備的堵塞或破壞等。針對廢水中的大顆粒物質或易沉降的物質，畜禽養殖業采用過濾、離心、沉淀等固液分離技術進行預處理，常用的設備有格柵、沉淀池、篩網等。格柵是污水處理的工藝流程中*的部分，其作用是阻攔污水中粗大的漂浮和懸浮固體，以免阻塞孔洞、閘門和管道，并保護水泵等機械設備。沉淀法是在重力作用下將重于水的懸浮物從水中分離出來的處理工藝， 是廢水處理中應用***廣的方法之一。目前，凡是有廢水處理設施的養殖場基本上都是在舍外串聯2至3個沉淀池，通過過濾、沉淀和氧化分解將糞水進行處理。篩網是篩濾所用的設施，廢水從篩網中的縫隙流過，而固體部分則憑機械或其本身的重量，截流下來，或推移到篩網的邊緣排出。常用的畜禽糞便固液分離篩網有固定篩、振動篩和轉動篩。此外，還有常用的機械過濾設備如自動轉鼓過濾機、轉輥壓濾機、離心盤式分離機等。
2、生化處理
1）好氧處理技術
    好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解有機物，同時合成自身細胞(活性污泥)。在好氧處理中，可生物降解的有機物***終可被*氧化為簡單的無機物。該方法主要有活性污泥法和生物濾池、生物轉盤、生物接觸氧化、序批式活性污泥法、A/O及氧化溝等。采用好氧技術對畜禽廢水進行生物處理，這方面研究的較多的是水解與SBR 結合的工藝。SBR工藝，即序批式活性污泥法，是基于傳統的Fill- Draw系統改進并發展起來的一種間歇式活性污泥工藝，它把污水處理構筑物從空間系列轉化為時間系列，在同一構筑物內進行進水、反應、沉淀、排水、閑置等周期循環。SBR與水解方式結合處理畜禽廢水時，水解過程對CODCr 有較高的去除率，SBR對總磷去除率為74.1%，高濃度氨氮去除率達97%以上。此外，其他好氧處理技術也逐漸應用于畜禽廢水處理中，如間歇式排水延時曝氣(IDEA)、循環式活性污泥系統(CASS)、間歇式循環延時曝氣活性污泥法(ICEAS) 。
2）厭氧處理技術
       20世紀50年代出現了厭氧接觸法工藝，此后隨著厭氧濾器AF和上流式厭氧污泥床UASB的發明，推動了以提高污泥濃度和改善廢水與污泥混合效果為基礎的一系列高負荷厭氧反應器的發展，并逐步應用于禽畜污水處理中。厭氧處理特點是造價低，占地少，能量需求低，還可以產生沼氣，而且處理過程不需要氧，不受傳氧能力的限制，因而具有較高的有機物負荷潛力，能使一些好氧微生物所不能降解的部分進行有機物降解。

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