養殖廢水中的污染物是多種多樣的，往往需要采用幾種方法組合，才能達到排放標準。根據廢水的排放特點、水質特點及要求的排放要求，確定工藝分三個部分：首先是預處理，去除水中的懸浮物和浮油，降低后續處理的負荷并防止后續處理（尤其是生化處理）單元堵塞而影響處理效果。
1、預處理
畜禽養殖廢水無論以何種工藝或綜合措施進行處理，都要采取一定的預處理措施。通過預處理可使廢水污染物負荷降低，同時防止大的固體或雜物進入后續處理環節，造成設備的堵塞或破壞等。針對廢水中的大顆粒物質或易沉降的物質，畜禽養殖業采用過濾、離心、沉淀等固液分離技術進行預處理，常用的設備有格柵、沉淀池、篩網等。格柵是污水處理的工藝流程中*的部分，其作用是阻攔污水中粗大的漂浮和懸浮固體，以免阻塞孔洞、閘門和管道，并保護水泵等機械設備。沉淀法是在重力作用下將重于水的懸浮物從水中分離出來的處理工藝，是廢水處理中應用zui廣的方法之一。
2、生化處理
好氧處理技術與厭氧處理技術
好氧處理的基本原理是利用微生物在好氧條件下分解有機物，同時合成自身細胞(活性污泥)。在好氧處理中，可生物降解的有機物zui終可被*氧化為簡單的無機物。該方法主要有活性污泥法和生物濾池、生物轉盤、生物接觸氧化、序批式活性污泥法、A/O及氧化溝等。采用好氧技術對畜禽廢水進行生物處理，這方面研究的較多的是水解與SBR結合的工藝。
20世紀50年代出現了厭氧接觸法工藝，此后隨著厭氧濾器AF和上流式厭氧污泥床UASB的發明，推動了以提高污泥濃度和改善廢水與污泥混合效果為基礎的一系列高負荷厭氧反應器的發展，并逐步應用于禽畜污水處理中。厭氧處理特點是造價低，占地少，能量需求低，還可以產生沼氣，而且處理過程不需要氧，不受傳氧能力的限制，因而具有較高的有機物負荷潛力，能使一些好氧微生物所不能降解的部分進行有機物降解。
3、自然處理技術
自然處理法是利用天然水體、土壤和生物的物理、化學與生物的綜合作用來凈化污水。其凈化機理主要包括過濾、截留、沉淀、物理和化學吸附、化學分解、生物氧化以及生物的吸收等。其原理涉及生態系統中物種共生、物質循環再生原理、結構與功能協調原則，分層多級截留、儲藏、利用和轉化營養物質機制等。這類方法投資省、工藝簡單、動力消耗少，但凈化功能受自然條件的制約。自然處理的主要模式有氧化塘、土壤處理法、人工濕地處理法等。
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