紫外線消毒器殺菌消毒是一道使大量水生病原體滅活的有效屏障。在多屏障消毒工藝中，紫外線消毒可作為殺滅特殊病原體(如隱孢子蟲和賈第鞭毛蟲)的有效屏障，并有助于盡量降低消毒副產物。紫外線消毒器可以應用于飲用水水源的消毒，包括過濾后的地表水、未經過濾的地表水和地下水。對于過濾后的地表水，紫外線消毒的前處理工藝包括顆粒或合成介質過濾、膜過濾(微濾、超濾、納濾和反滲透)、硅藻土過濾或慢砂濾。紫外線消毒器也可用于污水消毒殺菌，污水紫外線消毒器分為管道式紫外線消毒器和渠道式污水紫外線消毒器，管道式污水紫外線消毒器采用壓力管道形制，渠道式污水紫外線消毒器也叫明渠式紫外線消毒器或框架式紫外線消毒器。
紫外線消毒器殺菌擁有光譜殺菌能力，能夠輕易的殺死包括：軍團菌屬(Legionella)、阿米巴(amoeba)在內的130多種的有害菌、微生以及所有種類的真菌、濾過性病毒、霉菌、刨子。，在客觀條件比較艱苦的廣大農村地區，紫外線消毒器殺菌消毒不需要任何特殊的專業設備，只需把紫外線消毒器安裝到供水管網中，通過紫外光照射流水就可以消除飲水中的有害細菌，微生物，并且對水的味道，氣味沒有改變，從而使受處理的水達到飲用標準。飲用水紫外線消毒器這種簡單、安全、實用性強、低投入的凈水方法是非常適用于我國的農村地區，飲用水紫外線消毒器能解決農村飲用水衛生安全問題的。
紫外線消毒器殺菌消毒技術對近些年發現的致病性病原微生物賈第蟲和隱孢子蟲具有良好的滅活效果。隱孢子蟲孢囊通過人畜的糞便排入環境，它們可在環境中存活很長時間，隱孢子蟲卵囊和賈孢子蟲孢囊比其它水傳染病源微生物的存活時間長，因而可引起多次疾病的爆發。隱孢子蟲引起的疾病非常嚴重，其普遍的的癥狀是腹瀉、嘔吐、低燒，類似流感的癥狀，而對免疫機能不健全的患者，如艾滋病患者，其疾病更為嚴重，導致死亡。
在經過環保部門的仔細評估后，針對目前的情況提出了飲用水紫外線消毒器殺菌消毒的方案來快速，有效的在短期內解決所面臨的問題：
1安裝飲用水紫外線消毒器，可以達到以下功效：
1)消除自來水的異味
2)消除所有的有害細菌
2如果水源不是活水，是水庫，蓄水池等，紫外線消毒器也能起到殺菌消毒效果。
