醫院里面排放的污水，除一般生活污水外，它還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過醫療污水處理設備處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫療污水處理設備在處理醫院污水的時候會出現大量的污泥，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
    醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。
醫院污水處理原則
1.全過程控制原則。在醫院污水產生、處理、排放的全過程進行控制。
2.減量化原則。嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制和分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制、清污分流。
嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入下水道
3.就地處理原則。為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。
4.分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。
5.達標與風險控制相結合原則。全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
6.生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。
處理方法
醫院污水處理之曝氣生物濾池法
醫院污水主要來自診療室，病房，化驗室，手術室，洗衣房，行政管理部門以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物為有機污染物，病原微生物及病毒。醫院污水現在只經格柵除渣及消毒后處理既排放，采用二氧化氯消毒劑，余氯和細菌學指標能達標，但有機物未被去除。為了全面達標，醫院增加了曝氣生物濾池污水處理工藝處理污水。考慮到該醫院污水處理廠占地有限以及水中含有一定量消毒劑的特點，決定采取負荷高，占地少，對進水有機物濃度范圍適應性錢的曝氣生物濾池工藝。
曝氣生物濾池具有以下特點：
(1)有機負荷高，占地少
(2)生物量大，活性高，抗沖擊能力強
(3)具有生物降解反應與過濾雙重功能，不需二沉池
(4)由于濾料的切割作用，氧利用率高
(5)運行穩定可靠，管理方便