實驗室有機廢水處理方法可以借鑒其它有機廢水的處理。一般來說有機廢水處理技術主要包括生物法和物化法。對有機物濃度高、毒性強、水質水量不穩定的實驗室廢水, 生物法處理效果不佳, 而物化法對此類廢水的處理表現出明顯的優勢。實驗藥品回收、對實驗室廢棄物進行分類處理及回收循環再利用, 不僅能減小對環境的污染, 而且能減少化學藥品的浪費。

實驗室污染物的一般處理原則為：分類收集、存放，分別集中處理。一般廢棄物如廢紙等，應每日及時清理。實驗室要明確專人負責廢棄物的登記、收集和處理。實驗室廢液應根據其化學特性選擇合適的容器和存放地點，通過密閉容器存放（不能裝太滿，3/4即可），不可混合貯存，標明廢液種類，貯存時間，定期處理。 

1).隨著廢液的組成不同，在處理過程中，往往伴隨著產生有毒的氣體以及發熱、爆炸等危險。因此，處理前必須充分了解廢液的性質，然后分別加入少量所需添加的藥品。同時，必須邊注意觀察邊進行操作。

2).含有絡離子、螯合物之類物質的廢液，只加入一種消除藥品有時不能把它處理*。因此，要采取適當的措施，注意防止一部分還未處理的有害物質直接排放出去。

3).對于為了分解氰基而加入次氯酸鈉，以致產生游離氯，以及由于用硫化物沉淀法處理廢液而生成水溶性的硫化物等情況，其處理后的廢水往往有害。因此，必須把它們加以再處理。 

4).沾附有有害物質的濾紙、包藥紙、棉紙、廢活性炭及塑料容器等東西，不要丟入垃圾箱內。要分類收集，加以焚燒或其它適當的處理，然后保管好殘渣。

5).處理廢液時，為了節約處理所用的藥品，可將廢鉻酸混合液用于分解有機物，以及將廢酸、廢堿互相中和。要積極考慮廢液的利用。

6).盡量利用無害或易于處理的代用品，代替鉻酸混合液之類會排出有害廢液的藥品。

7).對甲醇、乙醇、丙酮及苯之類用量較大的溶劑，原則上要把它回收利用，而將其殘渣加以處理。