PCR實驗室設計的問題是如何避免污染，在實際工作中。常見的有擴增產物的污染；天然基因組DNA的污染；試劑的污染；標本間的污染等等。同時，這一類實驗室所產生的廢水成分復雜，一般都含有鉛、汞、鉻、六價鉻、銅、鋁、錳等重金屬以及大量細菌、病毒、蟲卵等致病病原體，還有化學藥劑、放射性同位素、各種器皿的洗滌而產生的廢水等。
這些實驗室廢水如果不經過處理就直接排入下水道，會嚴重污染環境，甚至會威脅到人類健康。因此，我們在處理這些廢水時應遵循以下原則：
1、全過程控制原則
對實驗室各類廢水的產生、處理、排放的全過程應進行控制。
2、減量化原則
嚴格要求實驗室廢水處理管理體系，在廢水和污染物發生原處進行嚴格控制和分離，將各類廢水進行分類收集、源頭控制、清污分流。嚴禁將實驗室廢水直接排入下水道。
3、分類指導原則
根據實驗室不同性質、規格、廢水排放去向以及排放要求對實驗室廢水進行分類指導。
4、達標與風險控制相結合原則
全面考慮不同實驗室所產生廢水達標排放的基本要求，同時加強風險控制，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性時間的能力。
5、生態原則
有效去除廢水中有害物質，較少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境。
