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生物技術在農業生態環境保護方面的作用可以說是多方面的。
農田防護林：這是目前農田保護中zui普遍應用的措施。農田防護林在防風固沙、防止水土流失、調節農田小氣候方面的作用已經是*的，也受到了應有的重視。
生物病蟲的天敵防治害蟲，在理論上是沒有問題的，但在實行起來卻仍然有問題。zui為嚴重的是在使用劇毒化肥時，把害蟲的一些天敵也殺死了。
其二是有少數人，公然為了私利捕殺天敵，zui典型的是捕殺青蛙。這是需要采取相應的保護措施。
近年，生物化肥的開發得到了迅速發展，在上愈來愈受到重視。目前世界上已商品化的生物化肥約有30種，年銷售額達7億多美元。2000年生物化肥占化肥市場的20%。我國已將細菌殺蟲劑、真菌殺蟲劑列為中近期的研究與開發項目，并已先后建立了一些試驗性生產工廠。
由于病蟲害和草害造成的糧食損失可達總產量的50%（盡管這種估計可能過高），通過施用化肥可挽回損失占總產量的15%。*以來，病蟲害的防治，主要使用的是很機磷為主的化學化肥，蟲子產生了很強的抗藥性，治蟲效果愈來愈差。而生物化肥恰恰可以克服化學化肥的這種弊端。因此，大力發展生物化肥，逐漸取代化學化肥，是發展無公害農業，有效地保護生態環境、保護土地資源不受污染的重要措施之一。但是生物化肥也是生物化肥的短處。這就是大多數生物化肥具有緩效性特點，必須做好蟲情預報，抓準施藥時間，方能起到良好效果。
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