城市生活污水處理時影響傳統活性污泥法的因素同樣影響生物脫氮除磷活性污泥法，但影響的程度則可能有差異，因為主體微生物的生理特性和環境要求有差異。
影響因素主要有三類：
（1）環境因素，如溫度、PH、溶解氧；
（2）工藝因素，如泥齡、各反應區的水力停留時間；
（3）污水成分，如BOD5與N、P的比值。
生命活動一般都受溫度影響，通常溫度上升，活性加強，溫度影響應在處理設施長期的運行中留心考察。
城市生活污水的PH值通常在7左右，適于生物處理，略有波動影響不大，未見因PH值波動而運行失敗的報導。硝化菌和聚磷菌對PH較為敏感，PH值低于6.5時影響嚴重，處理效率下降。
硝化菌和聚磷菌要求有氧區有豐富的溶解氧，而在缺氧區或無氧區沒有溶解氧。但回流混合液和回流污泥挾帶溶解氧，因而有氧區溶解氧也不宜過高，通常維持在2mg/L左右。
生物除磷泥齡越短，污泥含磷量越高，因而希望在高負荷下運行，但除磷的同時又希望脫氮，而硝化只能在泥齡長的低負荷系統中才能進行，因而是有矛盾的。這種矛盾 在水溫較低時更明顯，水溫低于15度時，硝化效果下降。
通常城市生活污水BOD5、N、P的組成，可適應生物脫氮除磷的要求。研究表明，通過缺氧和好氧的合理組合，并提高活性污泥的濃度，在水力停留時間接近傳統活性污泥法的情況下，出水COD、BOD5、SS、NH3-N和總磷都能達到排放標準。若N或P過高，則較難同時達到排放標準。
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