次氯酸鈉發生器的滅菌殺原理大致有如下三種作用方式：
次氯酸鈉發生器消殺主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧，新生態氧的*氧化性使菌體和上的蛋白質等物質變性，次氯酸鈉發生器從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧的方式。
其次，次氯酸在、殺過程中，次氯酸鈉發生器不僅可作用于細胞壁、外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入菌()體內，與菌()體蛋白、核酸、和酶等有機高分子發生氧化反應，次氯酸鈉發生器從而殺死病原微生物。
同時，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改變細菌和體的滲透壓，次氯酸鈉發生器使其細胞喪失活性而死亡。
此外，次氯酸鈉發生器還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農藥。絕大多數農藥都是由有機物組成的，次氯酸鈉發生器所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。次氯酸鈉發生器這無疑對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。還有值得肯定的是，由于次氯酸鈉發生器所生產的消毒液中不象氯氣、二氧化氯等消毒劑在水中產生游離氯，所以一般難以形成因存在游離氯而生成不利于人體健康的致癌物質；也不象臭氧那樣只要空氣中存在很微弱的量(0.001mg/m3)便會對生命造成損傷和毒害；而且，還不會象氯氣同水反應會后形成鹽酸那樣次氯酸鈉發生器對金屬管道造成嚴重腐蝕
