作為一種化學消毒劑，次氯酸鈉消毒液也有一些劣勢，在使用中需要注意和防護：
1.次氯酸鈉不宜長時間貯存。受光照、溫度等因素的影響，有效氯容易揮發。降低次氯酸鈉溶液的濃度，低溫和避光儲存，控制次氯酸鈉溶液的酸度及添加穩定劑是提高次氯酸鈉水溶液穩定性的有效途徑；隨著制備技術的發展，在一些水處理等需要大量次氯酸鈉的使用場所，也采用電解稀鹽水即產即用的方式生產次氯酸鈉。
2.使用次氯酸鈉消毒受水體PH值的影響。酸堿度對次氯酸鈉消毒液的穩定性影響很大，在堿性條件下穩定，酸性條件下不穩定，酸性越強，有效氯分解越快，穩定性越差。在PH7以上，消毒液很穩定[9]，所以一般使用自來水配置和稀釋次氯酸鈉消毒液。
3.使用次氯酸鈉消毒要選用適宜的濃度，謹防走入“濃度越果越好”的誤區，因為高溫、高濃度可使次氯酸鈉消毒液中氯含量迅速衰減，影響消毒效果。
4.使用次氯酸鈉消毒，要清除物件表面上的有機物質，因為有機物可能消耗有效氯，降低消毒效果。在使用和稀釋次氯酸鈉消毒液時，水中的Ca+、Mg+等離子一般對次氯酸鈉溶液的作用沒有影響，但水的硬度應小于400mg/L。
5.次氯酸鈉有一定的刺激性與腐蝕性，特別是對金屬等有腐蝕作用，使用時要注意防腐安全，必須稀釋以后才能使用。次氯酸鈉消毒液具有漂白作用與腐蝕性作用，不要用于衣物的消毒，必須使用時濃度要低，浸泡的時間不要太長。
