平板克隆形成實驗基本步驟：

1、取對數生的各組細胞，分別用0.25%胰蛋白酶消化并吹打成單個細胞，并把細胞懸浮在10%胎牛血清的DMEM培養液中備用。
2、將細胞懸液作梯度倍數稀釋，每組細胞分別以每皿50、100、200個細胞的梯度密度分別接種含10mL 37℃預溫培養液的皿中，并輕輕轉動，使細胞分散均勻。置37℃ 5% CO2及飽和濕度的細胞培養箱中培養2～3周。

3、經常觀察，當培養皿中出現肉眼可見的克隆時，終止培養。棄去上清液，用PBS小心浸洗2次。加4%多聚甲醛固定細胞5mL固定15分鐘。然后去固定液，加適量GIMSA應用染色液染10～30分鐘，然后用流水緩慢洗去染色液，空氣干燥。

4、將平皿倒置并疊加一張帶網格的透明膠片，用肉眼直接計數克隆，或在顯微鏡（低倍鏡）計數大于10個細胞的克隆數。后計算克隆形成率。

克隆形成率 =（克隆數/接種細胞數）×100%

平板克隆形成試驗方法簡單，適用于貼壁生長的細胞。適宜底物為玻璃的、塑料瓶皿。試驗成功的關鍵是細胞懸液的制備和接種密度。細胞一定要分散得好，不能有細胞團，接種密度不能過大。

平板克隆形成試驗方法簡單，適用于貼壁生長的細胞。適宜底物為玻璃的、塑料瓶皿。試驗成功的關鍵是細胞懸液的制備和接種密度。細胞一定要分散得好，不能有細胞團，接種密度不能過大。

軟瓊脂培養克隆形成試驗基本步驟： 
(1)取對數生細胞，用0.25%胰蛋白酶消化并輕輕吹打，使之成為單細胞，作活細胞計數，用含20%胎牛血清的DMEM培養液調整細胞密度至1×106細胞/L。然后根據實驗要求作梯度倍數稀釋。 

(2)用蒸餾水分別制備出1.2%和0.7%兩個濃度的低溶點瓊脂糖液，高壓滅菌后，維持在40℃中不會凝固。 

(3)按1:1比例使1.2%的瓊脂糖和2×DMEM培養基(含有2×抗生素和20%的小牛血清)混合后，取3mL混合液注入直徑6cm平皿中(10cm平皿加7～10mL)，冷卻凝固，可作底層瓊脂置CO2溫箱中備用。 

(4)按1:1比例讓0.7%的瓊脂糖和2×DMEM培養基在無菌試管中相混以后，再向管中加入0.2mL的細胞懸液，充分混勻，注入鋪有1.2%瓊脂糖底層平皿中，逐形成雙瓊脂層。待上層瓊脂凝固后，置入37℃ 5%CO2溫箱中培養10～14天。 

(5)把平皿放置在倒置顯微鏡下，觀察細胞克隆數。計算形成率。 軟瓊脂培養法常用檢測腫瘤細胞和轉化細胞系。試驗中瓊脂與細胞相混時，瓊脂溫度不宜超過40℃。接種細胞的密度每平方厘米不超過35個，一般6cm的平皿接種1000個細胞。正常細胞在懸浮狀態下不能增殖，不適用于軟瓊脂克隆形成試驗。 

軟瓊脂集落形成率實驗(軟瓊脂克隆)   

將1.2％低熔點瓊脂糖與2×細胞培養基以1:1 的體積比混合制備0.6％的底層瓊脂，6 孔板中每個孔1.4ml 溫室凝固，取對數期細胞，胰酶消化后吹散成單個細胞懸液，計數，并調細胞濃度為10000 個/ml，將0.6％低熔點瓊脂糖與2×細胞培養基以1:1 的體積比混合，制備0.3％的上層瓊脂，每孔加1ml 上層瓊脂和100ul 單細胞懸液（約1000cell/well)，混勻，室溫凝固。置于37℃，5％CO2 的細胞培養箱中培養2－3 周，計數含50 個細胞以上得克隆，計算細胞集落形成率，SpotII 采集圖像。