脫硫塔是系統的核心，氣流在塔內過塔高度15m，在塔內停留時間7秒。濕法煙氣脫硫效率由塔的傳質能力決定，與液氣二相在塔內接觸程度相關。在塔內，SO2被水吸收，成為亞硫酸（氧化后為硫酸），再與堿性物（或二性物）反應生成亞硫酸鹽及硫酸鹽。石灰石脫硫主要產物是石膏。其和反應為：
SO2的吸收：         SO2 (g) ? SO2 (aq)
SO2 (aq) + H2O ? H+ + HSO3-
HSO3- ? H+ + SO32-
HSO3的氧化          HSO3- + ?O2 ? H+ + SO42-
H+ + SO42- ? HSO4-
固體CaCO3的離解        CaCO3  ? CaCO3 (aq)
Ca(OH)2 (aq) ? Ca2+ +2OH-
中和反應                 OH- + H+ ? H2O (aq) 
（有水生成，無CO2放出）
結晶反應            Ca2+ +SO42- + 2H2O ? CaSO4?2H2O(s)