某些限制性內切酶對同一底物的不同位點切割效率不同，這種現象被稱為內切酶的位點優勢效應。1975年，Thomas 和 Davis（1）發現 EcoRI 并不是隨機切割 λDNA 分子上的 5 個識別位點，其中對λDNA 右側位點的切割速率比中間位點快 10 倍。Forsblum 等（2）發現 EcoRI 對腺病毒-2 不同位點的切割速率不同。Nath 和 Azzolina（3）則發現 EcoRI 和 HindIII 對 λDNA 不同位點的切割速率有 10 倍和 14 倍的差別。Brown 和 Smith 則發現 HgaI 對 φX174 DNA 某些位點的切割效率明顯要高于其它位點（4）。Gingeras 和 Brooks（5）報道，腺病毒-2 上的 CTCGAG 序列很難被 PaeR7I 切割，卻很容易被PaeR7I 的同裂酶 XhoI 切割，這是一個相鄰序列影響切割效率的典型例子，CTCGAG 5' 末端的 CT 序列降低了切割效率。以上實例中，甲基化不是影響切割速率的因素。

某些酶只能切割有兩個識別序列的底物 DNA 分子。例如，BspMI（6）、SfiI（7）和 NgoMIV（8）為同源四聚體蛋白，它們結合 2 個識別序列，并同時切開 4 個磷酸二酯鍵。這些酶的底物 DNA 分子上必須有兩個識別位點，當只有一個識別序列時，切割就變得相當困難。這種現象雖不是很普遍，但在 IIs 型內切酶中還是相當常見的。這些酶通常情況下為單體，但切割兩條鏈時會很快結合形成二聚體（9-11）。這些酶包括 FokI、BsgI、BpmI 和 MboII（10）。另外一些酶，如EcoRII 和 NaeI 所需的兩個識別位點中，一個位點作為目標被切割，另一位點作為變構因子協助切割（12-15）。對這些酶而言，第二個協助切割的位點可以在底物 DNA 上，也可以以寡核苷酸的形式存在（12,13）。HpaII、NarI和 SacII 在某些底物的一些位點切割效率很低，或是干脆無法切開，其作用機制尚不明了（14）。

限制性內切酶的一些特性可引起位點優勢效應。例如，只有一個識別位點的質粒很難被 NaeI、NarI和 BspMI 切開。

pBR322有四個 NarI 識別位點，在標準條件下，1 單位的 NarI 在 1 小時內可*切開其中的兩個位點，而即使加入 50單位的 NarI 過夜消化 16 小時也不能將另外的兩個位點*切開。同樣地，pBR322 的四個 NaeI 識別位點中，有兩個很容易被切開，第三個被切開的速率較慢，而剩下的一個zui難，切割速率僅為前者的 1/50。NarI 和 NaeI 在 λDNA 上各有一個識別位點，但即使加大酶的用量，它們也只能部分切開 λDNA。SacII 在 λDNA 上有 4 個識別位點，其中 3 個位于序列中間，這些位點的切割速率是剩下的那個靠近右末端位點（第 40,386 堿基）的 50 倍。

參考文獻：

（1） Thomas, M. and Davis, R.W. （1975） J. Mol. Biol., 91, 315.

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原文地址:/biotech/exp/TechArticle/2010/s819195452.html