目前常見的微生物鑒定原理有以下幾種：
1. 酸堿反應：細菌代謝碳水化合物，一般產(chǎn)生酸性物質(zhì)；分解蛋白質(zhì)或氨基酸，則產(chǎn)生堿性物質(zhì)，根據(jù)不同細菌的理化性質(zhì)不同，測定細菌的分解底物導致PH值變化而產(chǎn)生的不同顏色，來判斷菌種。
2. 酶譜分析：根據(jù)細菌生長產(chǎn)生酶的特性，在測定底物中加入基質(zhì)。使其與細菌生長過程中的酶結(jié)合成熒光物質(zhì)，可以在較短的時間判定菌種。
3. 高壓液相色譜分析：用氣相色譜檢測細菌在液體培養(yǎng)基中的代謝產(chǎn)物（揮發(fā)和非揮發(fā)脂肪酸），結(jié)果與數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)比較后，得出鑒定結(jié)果。
4. 代謝指紋法：其原理是根據(jù)細菌對碳源（或氮源）利用的差異來區(qū)別和鑒定細菌，不同的細菌會利用不同碳源（或氮源）進入新陳代謝過程（稱為呼吸），而對其他一些碳源（或氮源）則無法利用，將每種細菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）進行排列組合，就構(gòu)成了該種細菌特定的代謝指紋，由于細菌在利用碳源進行呼吸時，會發(fā)生一系列的氧化-還原反應，產(chǎn)生電子，TTC（四唑紫，2，3，5-TriphenylTetrazoliumChloride）在呼收電子后，會由無色的氧化型轉(zhuǎn)變?yōu)樽仙倪€原型，通過肉眼觀察或計算機控制的讀數(shù)儀，將反應結(jié)果同數(shù)據(jù)庫中的指紋進行比對，從而得到細菌的鑒定結(jié)果。
