食用菌菌種退化是由于菌絲體的遺傳物質發生了變異而造成的。表現為菌種突然或逐漸喪失原有的生活力、豐產性能或部分子實體的形態改變。菌絲體生長緩慢，在培養基上出現濃密的白色扇形菌落，對環境條件如溫度、酸堿度、二氧化碳、氧氣、雜菌等抵抗力弱，子實體形成期提前或推后，出菇潮次不明顯等現象。
如何防止食用菌菌種退化呢？
1、保證菌種的純培養。不用被雜菌污染的菌種，不要用同一食用菌種類的不同菌株混合或近距離相連接培養。要防止菌種的混雜。在菌種轉管，進行出菇試驗等工作中，均應加強品種隔離，減少品種間的混雜，以保證優良品種的遺傳組成在較長時間內能保持足夠的穩定。
2、嚴格控制菌種傳代次數，減少機械損傷，保證菌種活力。菌種傳代次數越多，產生變異的機率就越高，因此菌種發生退化的概率就會越多，生產中應嚴格控制菌種的移接代數。
3、采用有效的菌種保藏方法保存菌種。菌種保存應是短期、中期和長期三者相結合，根據不同的要求從不同保藏方法中進行擴和移接，確保菌種能長期保持該品種的原有優良性狀。適當低溫保存菌種。低溫型菌種（如蘑菇、香菇等）在4℃，高溫型菌種（如草菇）在16℃下保存，有利于保存菌絲體的活力。
4、避免在單一培養基中多次傳代，沿著合理的代次、母種、原種、生產種不同類型的培養基，有利于提高菌種活力和保持優良性狀。
5、菌種不宜過長時間使用，超齡菌種會出現老化，而老化與退化是有機相連的，生活力弱的菌種很容易出現退化。
6、菌種要定期進行復壯，在適宜的溫度、合適的酸堿度、充足的氧量、適當漫射光、無雜菌培養等條件下進行。創造菌種生長良好營養條件和外界環境。菌種培養基的營養條件應適宜，才能使菌種生長健壯，減少退化的發生。營養不足和過于豐富對菌種生長均不利。菌種的生長繁殖受到物理、化學、生物等外界條件的影響，如條件適宜，菌種生長正常，不易退化，不相適宜，則會引起菌種的退化。比如芳香族化合物，能誘發絨毛狀菌絲體成扇形菌落的形成，這種菌絲體在料床上易形成致密的白斑，導致產量下降。
7、每年進行孢子分離，以有性繁殖來發現優良菌株，以組織分離來鞏固優良菌株的遺傳特性。對菌種可能遭受病毒的感染應保持足夠的警惕。對有疑問的菌種要及時檢驗。確證已感染病毒，尤其是病毒粒子含量大，菌絲體及子實體性狀已受到嚴重影響的菌種，應及時淘汰。
