臨床微生物是一門實踐性很強的學科。隨著醫學事業的發展和進步，微生物檢驗人員不僅要具備扎實的醫學理論知識，同時也要有豐富的實踐經驗，結合臨床，充分利用所學的微生物學知識和技術，不斷提高快速、準確的診斷結果。應用簡便的基本操作，選擇合適的培養方法，結合*、快速的鑒定技術和藥物敏感試驗方法，盡可能快地提供檢驗結果給臨床，指導臨床醫師及時合理使用抗生素藥物。
1 重視顯微鏡檢查
對于留取標本進行革蘭染色，一方面可以掌握標本質量以確定進行培養或重新留取標本;另一方面通過鏡檢對某些細菌可以作出初步分類。
對于膿性分泌物或穿刺液進行革蘭染色鏡檢亦可作出大致分類或初步診斷。對泌尿系男性尿道和女性分泌物涂片革蘭染色鏡檢，查到白細胞內或外有革蘭陰性雙球菌，是診斷淋病的重要依據。腦脊液墨汁染色檢查新型隱球菌，對于臨床診斷隱球菌性腦膜炎有重要價值。痰、胸水涂片抗酸染色查抗酸桿菌，對于診斷肺結核有重要意義。糞便球桿菌比例檢查，對于腸道菌群失調的診斷有重要幫助。糞便暗視野檢測弧菌的運動情況，對于霍亂的診斷有意義。
2 用顯色培養基對微生物快速鑒定
在分離培養基中加入檢測某些細菌特異性酶的底物（由產色基團和微生物代謝物如糖苷類，氨基酸或肽類兩部分組成，通常為無色），在特異性酶作用下游離出產色基團并產生熒光或顯示一定顏色，用紫外燈觀察菌落產生的熒光或直接觀察菌落顏色即可對細菌做出鑒定。
如CHRO真菌培養基:白色念珠菌（綠色），熱帶念珠菌（藍色），克柔念珠菌（粉紅色）。FGM培養基:大腸埃希菌（藍色）。SSMAC培養基:耐**（MRSA）的菌落為黃色。
3 免疫學檢查技術
全自動酶免疫熒光法:如VIDAS全自動酶免疫熒光系統檢測HAV，HBV，HIV，沙眼衣原體等。
膠體金標記酶免疫法:檢測HAV，HBV，HIV，CMV，弓形蟲等。
膠乳凝集法:用于檢測肺炎鏈球菌，腦膜炎奈瑟菌A、B、C組，流感嗜血桿菌，隱球菌等。
明膠顆粒凝集法:用于檢測肺炎支原體。
4 核酸探針
將一段已知順序的單鏈核酸（DNA或RNA）加以標記（α32pdNTP，HdNTP，SdNTP）就成為核酸探針，可用來探測標本中與它具有互補的核酸堿基順序。
應用PCR技術檢測:結核分支桿菌，幽門螺桿菌，軍團菌，支原體，衣原體，HBV，HCV，HIV，CMV等。
5 基因芯片技術利用
基因芯片技術檢測標本中病原微生物已獲得較大成功，如檢測HIV基因，結核分支桿菌基因以及其它細菌基因分型，菌種鑒定，細菌耐藥基因的檢測等。
6 全自動微生物分析儀和全自動血培養儀
全自動微生物分析儀解決了微生物鑒定的繁瑣問題，縮短了報告發出時間，全自動血培養儀的應用，為無菌體液（腦脊液，胸腹水，膽汁，關節液）的細菌分離提供了捷徑，陽性率大大提高。
總之，微生物學檢驗技術應密切結合臨床，在平時工作中不斷學習、分析和總結，努力提高微生物檢驗的技術水平，快速準確地為臨床提供病原學及藥敏結果，指導臨床合理利用抗生素，做好細菌耐藥性監測、追蹤和控制，以及流行病學特征分析研究工作，更好地為臨床服務。
