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關(guān)于雙鏈DNA,我們熟悉的結(jié)構(gòu)是一種右手螺旋結(jié)構(gòu),也就是B-DNA,還有一種A-DNA和Z-DNA,另外2006年來自斯坦福大學(xué)的研究人員確定出了xDNA的結(jié)構(gòu),這是一種膨脹的DNA,具有奇怪的雙螺旋分子。那么DNA結(jié)構(gòu)還有其它形式嗎?
近期來自新加坡國立大學(xué)的研究人員發(fā)表了題為“Two distinct overstretched DNA structures revealed by single-molecule thermodynamics measurements”的文章,報道了一種新型的雙鏈DNA結(jié)構(gòu):S-DNA,這項研究不僅證明了S-DNA的存在,而且也提出了S-DNA的一些應(yīng)用,相關(guān)成果公布在《美國國家*院刊》(PNAS)雜志上。
領(lǐng)導(dǎo)這一研究的是新加坡國立大學(xué)嚴潔教授,曾在Nucleic Acids Research上發(fā)表文章,通過拉伸B-DNA得到S-DNA,研究組發(fā)現(xiàn)DNA的過度牽張涉及了兩個躍遷,這在躍遷動力學(xué)上非常顯著,然而是否這種未知的DNA結(jié)構(gòu)由非滯后的躍遷產(chǎn)生目前仍然不清楚。
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雙鏈DNA為了執(zhí)行多種功能,出現(xiàn)了多種結(jié)構(gòu),Watson和Crick提出的DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)屬于B型雙螺旋,它是以在生理鹽溶液中抽出的DNA纖維在92%相對濕度下進行X-射線衍射圖譜為依據(jù)進行推測的,這是DNA分子在水性環(huán)境和生理條件下zui穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。
但是研究表明DNA的結(jié)構(gòu)是動態(tài)的。當DNA處于轉(zhuǎn)錄狀態(tài)時,DNA模板鏈與由它轉(zhuǎn)錄所得的RNA鏈間形成的雙鏈就是A-DNA。由此可見A-DNA構(gòu)象對基因表達有重要意義。此外,B-DNA雙鏈都被RNA鏈所取代而得到由兩條RNA鏈組成的雙螺旋結(jié)構(gòu)也是A-DNA。
為了解析S-DNA結(jié)構(gòu),研究人員驗證了和兩種躍遷相關(guān)的熱力學(xué),發(fā)現(xiàn)非滯后的躍遷在滯后剝離躍遷中發(fā)現(xiàn)的大正向熵變相反。這表明DNA重排是一種高度有序狀態(tài),而兩種躍遷之間的選擇依賴于DNA堿基對的穩(wěn)定性,可以在多維圖像中觀察到。
這項研究不僅解答了關(guān)于S-DNA這種神秘的結(jié)構(gòu)是否存在的質(zhì)疑,而且也為研究S-DNA的新功能提供了新的思路,這種結(jié)構(gòu)具有拉長的特點,因此可能可以用做DNA插入劑的一種結(jié)合底物,比如*過程中,抑制癌細胞過度繁殖的DNA復(fù)制。還有DNA結(jié)合蛋白也能利用利用加入側(cè)鏈來破壞DNA的主鏈,這時S-DNA或許可以作為有機體中研究的潛在的結(jié)合靶點。
多年來,DNA結(jié)構(gòu)的研究手段主要是X射線衍射技術(shù),其結(jié)果是通過間接觀測多個DNA分子有關(guān)結(jié)構(gòu)參數(shù)的平均值而獲得的。但這項技術(shù)的樣品分析條件使被測DNA分子與天然狀態(tài)相差甚遠。因此,在反映DNA結(jié)構(gòu)真實性方面這種方法存在著缺陷。
這項研究采用的是單分子熱力學(xué)技術(shù)(Single-molecule thermodynamics),這是一種能用于分析DNA過度延伸轉(zhuǎn)換的新技術(shù)。研究表明利用這種技術(shù),能揭示兩種不同結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)換,比如從B-to-S DNA的轉(zhuǎn)換。
來源:生物通
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