生物通報道  來自中科院昆明動物研究所、云南省農業*等機構的研究人員，在新研究中發現了一個重要的旱稻（upland rice）優良品種標簽單核苷酸多態性等位基因（elite variety tag single-nucleotide polymorphism alleles ，ETASs）。相關論文發表在7月5日的《自然通訊》（Nature Communications）雜志上。中科院動物研究所副所長王文（Wen Wang）研究員以及云南省農業*糧食作物研究所副所長胡鳳益（Fengyi Hu）是這篇論文的共同通訊作者。王文研究員長期來一直致力于自然選擇和人工選擇下新遺傳結構（genetic novelties）及其功能起源進化機制的研究。目前已經分別在Science、Nature、Nature Genetics等重要學術雜志上發表多篇論文。胡鳳益一直潛心于水稻品種選育及相關技術研究，近年來發表研究論文30多篇，是云南省中青年學術和技術帶頭人后備人才。
作物育種是指以野生植物馴化作為開始，隨后進一步地改良地方作物品種和優良品種的過程。因此，從實質上講作物育種是一個人類引導的進化過程。自然與育種群體為這種進化提供了原材料，而人為選擇特定性狀則是進化的驅動力。選擇少見及有用的突變基因對于農作物馴化和改良至關重要。但一些重要的農藝性狀基因往往并不存在于野生株和地方品種中，而是以低頻率存在于一些非優良種群中。亞洲栽培稻（Oryza sativa）是*種人類馴化谷類植物。亞洲栽培稻可非為兩個主要類型：粳稻（Japonica）和秈稻（Indica），它們是由野生稻O. rufipogon以及O. nivara馴化而來。這些農作物的馴化及隨后的地方化導致生成了許多的地方稻種，為水稻育種提供了大量的遺傳資源。出于高產量、作物品質，抗生物及非生物脅迫及農藝適應性等不同的目的，育種者們已成功培育出大量攜帶適當等位基因組合的優良品種。
通常，育種者是通過稱作為數量性狀遺傳位點（QTL）/基因繪圖的傳統方法，來鑒別這些農藝性狀相關基因的。這種方法推動鑒別了大量的水稻重要基因。盡管其具有突出的優點，但QTL/基因繪圖是一種耗時耗力的方法，需要數年的時間來構建出分離群體，要需要進行廣泛的基因分型和表型分型。另一種常用的方法：群體關聯作圖（association mapping）往往會漏掉良種等位基因。而近年來的一些群體基因組學方法，鑒別的也常常是一些常見的等位基因，而漏失了存在于一個或有限數量優良品種中的良種等位基因。在這篇新文章中，研究人員嘗試了一種新方法挖掘優良水稻品種等位基因。研究人員對6個優良品種進行了深度測序，基于基因組數據鑒別了優良品種標簽單核苷酸多態性等位基因（ETASs）。通過這種初步的分析，研究人員確定了IRAT104旱稻品種NECD（9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase）基因中一個導致蛋白質改變的ETAS及其特征。這一等位基因在旱稻和灌溉稻之間顯示出顯著的頻率差異，并且研究人員在這一等位基因周圍觀察到存在選擇性清除（selective sweep）。功能性分析表明，在旱稻中這一的等位基因與脫落酸水平顯著增高，以及側根密度增高有關。
新研究揭示了一個重要的旱稻等位基因，并為我們提供了一個有潛力的挖掘罕見、重要農藝性狀基因的新策略。      來源：生物通