堿性磷酸酶屬于同源二聚體蛋白，分子量為56KDa。每個單體由449個氨基酸組成，完整的AKP分子呈現典型的α/β的拓撲結構，同時每個單體均具有一個活性中心，活性中心區域由Asp101-Ser102-Ala103三連體、Arg166、水分子、三個金屬離子及其配體氨基酸組成。AKP被phoA 基因編碼，與很多分泌蛋白一樣，在細胞質內合成氨基末端帶有信號肽的單體前體，信號肽引導前體跨內膜運輸后被切除，同源二聚體形成。
堿性磷酸酶是一種能夠將對應底物去磷酸化的酶，即通過水解磷酸單酯將底物分子上的磷酸基團除去，并生成磷酸根離子和自由的羥基，這類底物包括核酸、蛋白、生物堿等。而該脫去磷酸基團的過程被稱為去磷酸化或脫磷酸化。堿性磷酸酶是磷酸酶的一種，磷酸酶的作用與激酶的作用正相反，激酶是磷酸化酶，可以利用能量分子，如ATP，將磷酸基團加到對應底物分子上。堿性磷酸酶在堿性環境有zui大活力，對來源于細菌中的ALP來說，其zui適pH是8.0，而對來源于牛的ALP則是8.5。
ALP是一種含鋅的糖蛋白，在堿性環境中（zui適Ph為10左右）可以水解各種天然及人工合成的磷酸單酯化合物底物。
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