要保持泵的良好操作性能，必須持續保持系統的清潔，確保使用的溶劑和試劑的質量，流動相進入流路前必須進行過濾和脫氣。
預防泵故障需要持久不間斷的努力：
1）使用試劑和HPLC級溶劑，對泵對色譜柱都有好處；
2）流動相和溶劑在使用前使用材料過濾；
3）對流動相和溶劑進處理脫氣；
4）每次開始使用時要排氣放空，工作結束后從泵及色譜柱中洗去緩沖液或有害物；不讓水及腐蝕性溶劑等有害物質滯留泵及色譜柱中；
5）定期更換在線過濾圈等墊圈；
6）嚴格遵從泵操作手冊中的建議。
處于良好操作狀態的泵，應該能使色譜圖上的基線平穩；保留時間的重復性好。在等度洗脫時壓力波動小于2％。梯度洗脫時壓力變化應是緩慢和平穩的。
螺桿泵
為了使故障發生后盡快排除，平時應常備密封、單向閥（入口與出口）、泵頭裝置、各式接頭、保險絲等部件，以及更換工具。
井用潛水電泵主要用水浸和油浸兩種，都是由水泵和電機兩部分組成。為保證電泵的正常運行，必須按下述的使用方法進行。
1．電泵在使用前，應用兆歐表檢查電機絕緣電阻，其zui低值不能小于5兆歐。檢查方法是將兆歐排污泵表上的一個接線柱接在電泵電纜線上，另一接線柱接在電機外殼上，搖動兆歐表，觀察絕緣電阻值。
2．檢查電纜有地開裂、擦傷等現象，如有損壞應及時調換，以防漏電。
3．水浸電機應打開灌水螺栓，灌滿潔凈的清水后擰緊螺栓，再潛入水中。油浸電機如發現漏油，應更換密封元件后再潛入水中。
4．電泵潛入水中前，應向泵內灌滿清水，空化工泵1-2分鐘，并啟動2次，檢查空轉和啟動是否正常。如果轉向相反，將兩相接線調換后即可。
5．檢查揚水管有無裂紋，連接是否牢固。
6．電泵在潛入水中或吊起時，不得拉動電纜，以免電纜損壞或接頭處斷開。
7．電源電壓應控制在不大于或小于額定電壓的5%范圍內，如果電壓過高或過低都會損壞電機。
8．電泵潛入水中應垂直水泵，不得斜放。
9．電泵不得輸送含沙量較多的水或泥漿。水浸電機應經常清理電機腔內的沙粒，更換電機腔內的清水。
10．泵實際揚程應在0.8-1額定揚程內。這樣可提高電泵工作效率，節電，避免電機超負荷作業，延長使用壽命。
11．電泵用后，應清洗干凈，在金屬表面涂油防銹，并豎直放在干燥處保管。水浸電機還應放凈電機內的清水。
