■多肽溶解的主要問題是二級結構的形成。雖然疏水肽鏈二級結構的形成更明顯，但除zui短的肽鏈外，此現象產生在幾乎所有肽鏈,與極性無關。所以，溶解多肽的*個原則是使用無菌蒸餾水或去離子水，當然無氧水。多肽溶液可能遇到細菌降解，為防止此情況的發生，應溶解在無菌的蒸餾水中或用0.45或0.2孔徑的濾膜過濾除菌。含有Cys、Met、Trp的多肽很容易氧化，應溶于無氧的水中，無氧水可通過注入惰性氣體（氮、氦、氬）減壓除氣得到；
■若多肽不溶于純水，超聲處理有助于打碎顆粒并增加溶解度。注意:超聲處理會引起溶液發熱或多肽降解；
■若多肽含有多個堿性氨基酸，使用（1-10%）的乙酸水溶液：對于疏水性強的多肽，應使用50%的乙酸；
■若多肽中含有大量酸性氨基酸，可用氨溶液（1-10%）或乙酸乙基*或重碳酸鹽等揮發性的堿性緩沖液溶解。pH值在層析前必須調整；
■異丙醇和乙腈能溶解中等大小的多肽。若肽要上柱，有機溶劑的量必須很少否則將嚴重影響停留時間；
■若多肽因含有Val、Leu、Met、Phe、Tyr、Ala等芳香鏈而高度疏水、或為中性肽時，DMF或DMSO等膜變性劑的使用，有利于多肽的溶解：
1.高濃度模變性劑通過破壞多肽的二級結構而助溶；
2.膜變性劑適于多肽分析液的制備，但可能會對其生物活性的研究工作造成干擾；
3.DMF是*變性劑（zui高濃度可達30%），滴加至多肽溶解；
4.反相層析法時，DMF將與洗脫液前鋒一起流出，根據入量的多少，峰值可能很高。大多數肽能在大量DMF流出后幾分鐘內流出，若肽鏈很小，洗脫太早，多肽的量將很低。
