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一般準備幾個色譜柱就基本可以解決各類氣相色譜分析工作的要求，可優先選擇固定液分別為SE-30（或者OV-101）、OV-17、PEG-20M、DEGS、FFAP的柱子各一個。對于填充柱，擔體可選白色擔體、紅色擔體（包括未酸洗、酸洗、硅烷化）、GDX系列（或者Porapak系列）三種，基本可以解決工作中絕大部分內容。
對色譜柱長短的選擇：由于分辨率與柱長的平方根成正比。柱子長，則提高分辨率。一般來說：15 m的短柱用于快速分離較簡單的樣品，也適于 快速成分掃描分析；30 m的色譜柱是zui常用的柱長，大多數分析在此長度的柱子上完成；50 m、60 m或更長的色譜柱用于分離比較復雜的樣品。
對于柱口徑的選擇：柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。
0.25 mm：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復雜樣品較好。
0.32 mm：柱效稍低于0.25mm的色譜柱，但柱容量約高60%。
0.53 mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當柱容量是主要考慮因素時（如痕量分析），選擇大口徑毛細管柱較為合適。 一些專家認為，對于普通用戶，可選30 m或50 m長的毛細管，口徑選0.32 mm較為便利。
