流動相在使用前必須進行脫氣處理，以除去其中溶解的氣體（如O2），以防止在洗脫過程中當流動相由色譜柱流至檢測器時，因壓力降低而產生氣泡。若在低死體積檢測池中，存在氣泡會增加基線噪聲，嚴重時會造成分析靈敏度下降，而無法進行分析。
此外，溶解在流動相中的氧氣，會造成熒光猝滅，影響熒光檢測器的檢測，還會導致樣品中某些組分被氧化或會使柱中固定相發生降解而改變的分離柱能。
液相色譜儀常用的脫氣方法有如下幾種：
- 吹氦脫氣法
使用在液體中比空氣溶解度低的氦氣，在0.1MPa壓力下，以約60ml/min流速通入流動相10-15min以驅除溶解的氣體。此法適用于所有的溶劑，脫氣效果較好，但在國內因氦氣價格較貴，本法使用較少。
- 加熱回流法
此法的脫氣效果較好。
- 抽真空脫氣法
此時可使用微型真空泵，降壓至0.05~0.07MPa即可除去溶解的氣體。顯然使用水泵連接抽濾瓶和G4微孔玻璃漏斗可一起完成過濾機械雜質和脫氣的雙重任務。由于抽真空會引起混合溶劑組成的變化，故此法適用于單一溶劑體系脫氣。對多元溶劑體系，每種溶劑應預先脫氣后再進行混合，以保證混合后的比例不變。
- 超聲波脫氣法
將欲脫氣的流動相置于中，用超聲波振蕩10-15min。但此法的脫氣效果zui差。
- 在線真空脫氣法（on line degrasser）
以上幾種方法均為離線（off-line）脫氣操作，其會隨流動相存放時間的延長又會有空氣重新溶解到流動相中。現在使用的在線真空脫氣技術，把真空脫氣裝置串接到儲液系統中，并結合膜過濾器，實現了流動相在進入前的連續真空脫氣。此法的脫氣效果明顯優于上述幾種方法，并適用于多元溶劑體系
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