原子吸收光譜法可能面臨的干擾可概分六類：（1）光譜干擾(Spectral Interference)、（2）火焰放射干擾(Flame Emission Interference)、（3）化學干擾(Chemical Interference)、（4）基質干擾(Matrix Interference)、（5）非特定性散射(Non-Specific Scatter)及（6）離子化干擾(Ionization Interference)。
(1)光譜干擾：此干擾主要是樣品中存在其它元素造成的干擾。此干擾近年來因中空陰極射線技術的提升已很少發生。
(2)放射干擾：此干擾主要來自于樣品放射出與欲吸收的波長相同。此干擾可藉由提高電流強度或降低狹縫寬度來解決。
(3) 化學干擾：此干擾zui常發生于利用原子吸收來分析鎂、鈣、鍶及鋇等金屬。zui常見的干擾物種有硅酸鹽、磷酸鹽及鋁酸鹽等化合物。一般解決的方法有兩種，一為利 用螯合劑(EDTA)與金屬錯合，二為添加氯化鑭與造成干擾的陰離子錯合；或者可利用笑氣-乙炔來解決化學干擾的問題。
(4)基質干擾：一般此干擾原因有(a)溶液中含有機溶劑而造成吸收度的增加，(b)因溶液的黏滯性較高因霧化效率下降而造成吸收度下降，(c)溶液的鹽度較高而造成吸收度下降。
以上四種干擾可藉由標準添加法(Standard Addition)或是萃取法將金屬自溶液中萃取出來或者改用其它的分析技術。
(5)非特定性干擾：此干擾來自樣品中含有高濃度的鹽類，此情形zui常發生于波長在250 nm以下，此干擾可用萃取技術及背景校正來克服。
(6)離子化干擾：此干擾zui常發生于低游離能元素，如堿金族及堿土族元素。解決的方法可在樣品中加入比待測元素更容易解離的化合物，如分析鈣時可添加1000 ppm的溶液。
