色譜柱的正確使用和維護十分重要，稍有不慎就會降低柱效，縮短使用壽命甚至損壞。在色譜操作過程中，需要注意下列問題，以維護色譜柱。
1、避免壓力和溫度的急劇變化及任何機械震動。溫度的突然變化或者使色譜柱從高處掉下都會影響柱內的填充狀況；柱壓突然升高或降低也會沖動柱內填料，因此在調節流速時應該緩慢進行，在閥進樣時的轉動不能過緩。
2、應逐漸改變溶劑的組成，特別是反相色譜中，不應該直接從有機溶劑改變為全部是水，反之亦然。
3、一般說來色譜柱不能反沖，只有生產者指明該柱可以反沖時，才可以反沖除去柱內的雜質。否則反沖會迅速降低柱效。
4、選擇使用適宜的流動相（尤其是pH），以避免固定相被破壞，有時可以在進樣器前面連接一預柱，分析柱是鍵合硅膠，預柱為硅膠，可使流動相在進入分析柱之前預先被硅膠“飽和”，避免分析柱中的硅膠基質被溶解。
5、避免將基質復雜的樣品尤其是生物樣品直接注入柱骨需要對樣品進行預處理或者在進樣器和色譜柱之間連接一保護柱。保護柱一般是填有固定相的短柱。保護柱可以而且應該經常更換。
6、經常用強溶劑沖洗色譜柱，清除保留在柱內的雜質，在進行清洗時，對流路系統中流動相的置換應以相混溶的溶劑逐漸過渡，每種流動相的體積應是柱體積的20倍左右，即常規分析需要50-75ml。
7、保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。
8、色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗；另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被污染；如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，使體積增大。
通常色譜柱壽命在正確使用時可達2年以上。以硅膠為基質的填料，只能在pH2-9范圍內使用。柱子使用一段時間后，可能有一些吸附作用強的物質保留于柱頂。新的色譜柱在使用一段時間后柱頂填料可能塌陷，使柱效下降。每次工作完后，用洗脫能力強的洗脫液沖洗，例如ODS柱宜用甲醇沖洗至基線平衡。當采用鹽緩沖溶液作流動相時，使用網后應用無鹽流動相沖洗。含鹵族元素（氟、氯、溴）的化合物可能會腐蝕不銹鋼管道，不宜長期與之接觸。裝在HPLC儀上柱子如不經常使用，應每隔4-5天開機沖洗15分鐘。
柱的保養：
1、當柱子和色譜儀聯結時，閥件或管路一定要清洗干凈；
2、要注意流動相的脫氣；
3、避免使用高沾度的溶劑作為流動相；
4、進樣樣品要提純；
5、嚴格控制進樣量；
6、每天分析工作結束后，要清洗進樣閥中殘留的樣品；
7、每天分析測定結束后，都要用適當的溶劑來清洗柱；
8、若分析柱長期不使用，應用適當有機溶劑保存并封閉；
