石墨爐的升溫程序包括：干燥、灰化、原子化、凈化階段，現分述如下：
1、干燥溫度
干燥溫度是指通過加熱使試樣中的水分或溶劑蒸發掉的溫度。一般建議選擇100℃左右，對于有機試樣zui高選擇在130℃左右。干燥溫度如果選擇過低，水分或有有機溶劑在干燥階段就不能蒸發，導致分析測試結果不理想。
干燥時間應根據樣品的體積(進樣體積)而定，一般選擇樣品的微升數*(1-2)(s)。但是要注意，干燥時間與石墨爐的結構、加熱方式、升溫模式等有關，也不能千篇一律。
干燥階段的升溫方式也很重要。如果已知樣品的性質，可以將溫度快速升到略低于沸點，然后在緩慢地把溫度升到剛好高于沸點，并且保持15s左右。
2、灰化溫度
灰化溫度是指通過加熱使試樣中的基體灰化掉，只留下被測試樣品的溫度。一般，灰化溫度的選擇要根據具體情況而定。如：測Cd時，一般選擇灰化溫度在500攝氏度以下(與所加的基改有關)；測Cu時，一般選擇800-900攝氏度(如果加某些基改，多可選1200攝氏度左右)。
灰化溫度和升溫方式的選擇原則：一般在不產生待測元素損失的情況下，盡量選擇比較高的灰化溫度，并采用階梯升溫方式。為了盡量多的排除共存物質，在升溫時要注意設置一段保持時間，而保持時間的長短根據不同的加熱方式和石墨爐的結構而定。有時為了能除去更多的共存組分，可以考慮設置多個灰化階段，前提是不把被測樣品揮發掉。
3、原子化溫度
原子化溫度是指通過加熱使試樣由分子狀態變成原子狀態的溫度。原子化溫度是由元素及其化合物的性質所決定的。*的原子化溫度應該是在剛好出現大吸光度時對應的溫度。原則上應選擇較高的原子化溫度或吸光度大值范圍處的原子化溫度。但是，原子化的溫度太高就會影響原子化器和石墨爐的壽命；太低就又不能實現理想的原子化，影響分析效果。因此，原子化溫度選擇的原則是：必須使吸收信號能在原子化階段回到基線。從開始到回到基線的整個時間，就是*原子化時間。原子化時間若太短，會造成峰形拖尾。一般，在保證樣品*原子化的前提，原子化時間越短越好。
4、凈化溫度
凈化溫度是指用比原子化階段稍高的溫度加熱空燒石墨管，以此來除去石墨管內上一次測試時樣品的殘留，這個溫度就叫凈化溫度，一般比原子化溫度要高200-400攝氏度。對于PE儀器，橫向加熱，一般凈化溫度可取2200-2500攝氏度，PE的2500攝氏度zui高溫是個缺點。
