基因芯片技術是綜合利用一系列微電子技術，在有限的空間內將核酸探針點到固相載體上，或者直接進行探針固相原位合成，將一系列可尋址識別的核酸探針有序集成起來，用于同時進行眾多的顯微核酸雜交反應，可以同時檢測很多種核酸片段。基因芯片按其制作原理可以分為很多類，但目前真正成熟的，得以廣泛應用的仍只有使用點樣或原位合成技術的微陣列（microarray）技術。
基因芯片檢測的生物學原理和前面所述的核酸探針*相似，所以可以說基因芯片就是高密度的斑點雜交技術。但正因為其高密度，導致了一個量變到質變的過程，成為炙手可熱的一種新生物技術。
基因芯片與檢驗檢疫醫學關系密切，它為檢驗檢疫工作提供了一種全新的技術，使一些檢驗檢疫工作中難解決的問題成為可能。現有的檢驗檢疫方法大多數只是檢測單一因素或單一種類的疫病，但由于人體和疾病的復雜性，單一因素或單一種類的疫病的檢測在很多情況下有很強的局限性，而芯片技術提供了一種大大突破這種局限性的解決思路，因為它能夠同時檢測很多種因素和很多種疫病。
下面以一款呼吸道疾病通用檢測芯片為例介紹一下基因芯片在檢驗檢疫中的應用：①將呼吸道的各種致病菌特征基因片段全部制作成探針，有序點制到固相載體上，制成芯片；②提取樣品中的核酸，并對核酸進行特異性或非特異性的擴增；③將擴增產物與芯片雜交檢測；④分析檢測結果，判定樣品中含有哪些病原微生物。
目前，基因芯片短期內仍難以在動物檢驗檢疫得到廣泛應用。其原因有：①檢測的靈敏度需要加強；②檢測的質控體系有待完善；③檢測的成本太高。
DNA測序傳統的方法是Maxam和Gilbert的化學法及Sanger的末端鏈終止法，但隨著分子生物學的飛速發展，尤其是近年來人類基因組測序（HGP）和其他眾多基因組測序工作的完成，大規模測序的技術日臻成熟。
DNA測序對于動物檢驗檢疫工作而言，一般是用于對上述各種方法的進一步確認，而這種確認往往是不必要的，所以只是在上述方法出現模棱兩可的情況時，才考慮DNA測序進行確認。
