NiV和亨爪病毒（Hendravirus，HeV）非常類似，此兩種病毒在各種免疫學檢測中大多數都存在交叉反應，因此，各種實驗室檢測技術中各種免疫學檢測都不能作為尼帕病毒病確診的依據。
①樣品的采集、運輸和保存。診斷用的樣品采集和運輸必須注意生物安全防護。將診斷用樣品運送到國外時，必須遵守我國相關的出入境法律法規，以及航空運輸協會的危險物品運輸規定。動物可能帶有病毒的組織樣品包括腦、肺、腎、脾、肝、淋巴結。這些臟器都應采樣送檢。采集的樣品應該在冰上或4℃下運輸，用干冰。在一20℃下保存不宜太久。
②用細胞培養進行病毒分離。在無菌情況下處理待測樣品。用密閉的勻漿器處理含10g／100ml組織樣品的懸浮液，如在密閉的金屬筒中用可以高壓滅菌的金屬球進行研磨，或者在罩／袋式勻漿器中用塑料袋進行研磨。樣品磨碎后，300g離心，將上清加入到培養的細胞體系中。NiV在很多種類的細胞中都容易生長，這有利于病毒分離。非洲綠猴腎細胞（Vero細胞）和兔腎細胞（RK-13）對NiV非常敏感。病毒感染細胞后的第3天出現CPE，如果沒有出現CPE，應該再盲傳2次，每次培養5天。在低感染比情況下，NiV特征性CPE是出現細胞融合現象，經過24～48h，有些融合的細胞可含有60個以上的細胞核。后期，NiV感染Vero細胞形成的融合細胞的細胞核分布在融合細胞的周圍。
③病毒的鑒定（RT-PCR方法）。用第七章的RT-PCR方法可以達到快速簡便地鑒定分離的病毒是否為NiV。如果發現RT-PCR檢測陽性的病料來自以前沒有報道過NiV疫情的地區，必須對RT-PCR陽性擴增產物進行測序，并核實序列是NiV序列后才達到病毒的鑒定目的。
④病毒的鑒定（VNT方法）。VNT采用引起50％細胞培養孔發生CPE的TCID50判定法。標準的NiV樣品以及待測的NiV樣品稀釋到每50fuL約含有100個TCID50的病毒。然后把它們加到96孔細胞培養板（平底）中，然后加上等體積EMEM培養基、倍比稀釋的NiV標準的抗血清，在37℃作用45min后，每孔加上2．4X104個Vero細胞，zui終每個孔大約200／AL。37℃培養3天后，觀察CPE。那些只加有細胞的孔，以及只加有細胞和抗血清的孔都不應出現CPE。相反，那些加有細胞和病毒的孔都應該出現CPE（細胞融合、死亡）。如果分離的病毒可以被標準的陽性血清中和，則分離的病毒可以判定為NiV類似的病毒；如果分離的病毒不能被標準的陽性血清中和，則分離的病毒判定為不是NiV。
疑似病例的判定標準
尼帕病毒病的疑似病例的判定標準是以下3項中任意1項，并且此陽性結果得到國家外來動物疫病診斷中心的確認。
*項：NiV特異性抗原免疫組化檢測陽性。
第二項：抗NiV血清抗體的VNT檢測陽性，NiV抗血清中和。
第三項：抗NiV血清抗體的ELISA檢測陽性或從病料中分離的病毒能夠被標準的抗
此外，根據上述第二項，可以判定被檢動物感染或曾經感染了NiV類似的病毒。
確診病例的判定標準
尼帕病毒病的確診病例的判定標準足以下2項中任意1項并且此陽性結果得到國家外，來動物疫病診斷中心的確認。
*項：臨床病料中分離到NiV。
第二項：RT-PCR檢測出NiV特異性核酸。
注意：上述第二項必須*排除實驗室核酸污染的可能性。
