根據(jù)流行病學(xué)、臨床癥狀，只能做出初步診斷，確診需采集發(fā)病動(dòng)物的血液、內(nèi)臟器官、糞便或采取流產(chǎn)胎兒胃內(nèi)容物、肝、脾組織，做沙門菌的分離和鑒定。病原學(xué)檢測，傳統(tǒng)方法、分子生物學(xué)方法、免疫學(xué)方法等。血清學(xué)檢測：對血清中抗體的檢測（瓊擴(kuò)、ELISA、免疫熒光等）。
1．細(xì)菌的分離及鑒定
用于沙門菌分析的傳統(tǒng)方法總體可分四個(gè)不同階段或步驟。*步是增菌，將樣品加到一種高營養(yǎng)、無選擇性的培養(yǎng)基中，溫度37~C，使沙門菌復(fù)蘇及使所有微生物生長。第二步是選擇性增菌步驟，它使沙門菌生長而使肉湯中同時(shí)存在的微生物數(shù)量減少，目前應(yīng)用的主要有如下3種類型的培養(yǎng)基：連四硫基鹽肉湯、硒酸鹽*肉湯和RV（rappaport-vassiliadis）培養(yǎng)基。由于沒有任何一種培養(yǎng)基可以全面地保持所有食品基質(zhì)或各種沙門菌血清型，所以，較適當(dāng)?shù)淖龇ň褪鞘褂脙煞N培養(yǎng)基平行地進(jìn)行試驗(yàn)。第三步是細(xì)菌分離，即選擇性培養(yǎng)物在含一種或多種抑制非沙門菌生長制劑的瓊脂乎板上劃線培養(yǎng)，然后對平板上肉眼可見的特征性菌落進(jìn)行確認(rèn)，并對該菌落分離物進(jìn)行一系列生化和血清學(xué)檢測。第四步是生化鑒定和血清分型，得出結(jié)論。傳統(tǒng)沙門菌檢測法全過程需時(shí)至少4—7天，才能得出明確的診斷結(jié)果。在對檢測菌株進(jìn)行血清學(xué)鑒定時(shí)，應(yīng)注意沙門菌抗原并非沙門菌所*，已知弗氏檸檬酸桿菌和大腸埃希菌的許多抗原與沙門菌的抗原*或部分相同。
2．嗜菌體裂解分屬診斷法
該方法是利用噬菌體對于細(xì)菌的裂解作用具有型的特異性或種和屬的特異性這一原理進(jìn)行的。該方法主要分為四個(gè)步驟，先將樣本按常規(guī)方法進(jìn)行前增菌后，劃線接種于鑒別平板，于37~C培養(yǎng)過夜。挑取可疑菌落于2ml胨水管內(nèi)，使每毫升含細(xì)菌約50萬一100萬個(gè)。將備好的營養(yǎng)瓊脂平板在37~C烘干表面水分，待平板上菌液干后，用微量加樣器依次加人噬菌體，然后再將平板培養(yǎng)6h以上，觀察結(jié)果。根據(jù)不同噬菌體對其的裂解率，判定檢測結(jié)果。對1181株沙門菌和323株其他菌株進(jìn)行沙門菌噬菌體O-I裂解試驗(yàn)，結(jié)果表明沙門菌裂解率為99．5％，而非沙門菌裂解率為0．3l％。何曉青等發(fā)現(xiàn)一種腸桿菌科分屬診斷噬菌體，鑒定沙門菌只要6min，加上培養(yǎng)菌落時(shí)間只需2天。張碧波等在應(yīng)用噬菌體快速檢測沙門菌時(shí)，對100個(gè)腸桿菌菌株進(jìn)行噬菌體O-I裂解試驗(yàn)，30株沙門菌全部為陽性，而其余非沙門菌全部為陰性，與前人的研究結(jié)果一致。因此，應(yīng)用沙門菌噬菌體O—I裂解試驗(yàn)對沙門菌的檢測是可靠的。
3．基于代謝產(chǎn)物酶活性的檢測方法
沙門菌在其生長繁殖過程中可合成和釋放某些特異性的酶，按酶的特性，選用相應(yīng)的底物和指示劑，將它們配制在相關(guān)的培養(yǎng)基中。這種技術(shù)將傳統(tǒng)的細(xì)菌分離與生化反應(yīng)有機(jī)地結(jié)合起來，并使得檢測結(jié)果直觀，成為今后微生物檢測發(fā)展的一個(gè)重要發(fā)展方向。
據(jù)Manafi等報(bào)道，沙門菌屬（包括各亞屬）均產(chǎn)生辛酯酶，這一性能是腸桿菌科除沙雷菌屬外其他各屬細(xì)菌所不具備的，因此可用來鑒別沙門菌與腸桿菌科其他屬細(xì)菌。近來，意大利Biolife公司的試劑“MUCAP Test’可用于檢測腸桿菌科細(xì)菌、假單胞菌屬、氣單胞菌屬和類志賀鄰單胞菌，該法對沙門菌有很高的敏感性和特異性，操作也十分簡便、快速。中華人民共和國進(jìn)出口商品檢驗(yàn)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)SN 0332—94即為用4—甲基傘形酮辛酯（MUCAP）試劑對沙門菌進(jìn)行檢驗(yàn)的方法。
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