在金葡菌的檢測方面，近年來很多學者逐漸探索了一些有很強特異性的鑒別基因，主要包括如下幾種。
a．耐熱核酸酶基因（heat stable nuelease，nuc）。耐熱核酸酶（thermostablenuclease，TNase）是金葡菌的特異性酶，通過檢測TNase酶活性以鑒定金葡菌通常有較好的專一性和準確性，但也存在一些非金葡菌株可檢測到該酶活性的例子，其原因尚不清楚，可能是由于其可產生與TNase活性相似的酶。編碼酶蛋白的nuc基因已全部定序。通過nuc基因的特異擴增來檢測金葡菌已被證實具有非常好的特異性，避免了檢測酶活時出現的假陽性現象，有很好的應用前景。揚州大學比較醫學中心高正琴、邢華等通過擴增rlUC基因可以在4h內檢測到zui低3pg DNA或5個金葡菌，并由此制備了特異性探針，檢測靈敏度達lpg DNA，符合率為100％。
b．staphopainA／B。saphopains是一種與葡萄球菌致病性相關的、外分泌型半*蛋白水解酶，包括蛋白水解酶A和蛋白水解酶B兩種，分別由基因scpA和sspB編碼。GolonkaE等通過PCR-RFLP技術對126株臨床分離金葡菌進行了研究，發現所有菌株均檢測到這兩種基因的存在，且分別分為四型和六型。Southern雜交試驗表明scpA和sspB基因在各菌株間高度保守，說明saphopains應該屬于持家基因產物且具有重要的致病性能。
c．血漿凝固酶（eoagulase）基因。大多數致病性葡萄球菌產生此酶，而非致病性菌一般不產生，因此，該酶是鑒別葡萄球菌有無致病性的重要指標。凝固酶有兩種：一種是分泌至菌體外的蛋白質稱為游離凝固酶（free coagulase）；另一種結合于菌體表面并不釋放，稱為結合凝固酶（boundcoagulase）或凝聚因子（clumping factor）。游離凝固酶采用試管法檢測，結合凝固酶則以玻片法測定。凝固酶耐熱，粗制品加熱至100~C經30rain或高壓滅菌后仍保持部分活性（staphylococcusbacteriaintroduce）；凝固酶基因曾被認為是鑒定金葡菌的特異性基因，但后來發現有少數金葡菌并不產生凝固酶，且一些凝固酶陰性菌也有很強的致病性，且因具有過高的多態性而更多地應用于金葡菌的分子分型技術。
d．16SDNA、23SDNA及間隔序列23SRNA和168RNA分別為構成核糖體大、小亞基的重要組分，它們的基因即23SDNA和16SDNA在分類學的種間有高度的保守性，常可用來作為特異序列鑒定菌種屬。J．丸Straub等以23S DNA為靶基因，通過PCR技術檢測了肉類產品發酵劑及乳制品中的S．aulelgs，通過選擇性前增菌過程，可在大量雜菌存在的背景下于12h內檢測到10CFU濃度的目的菌，進而通過嵌套PCR技術可使檢測極限下降一個數量級；翟俊輝等建立了以細菌16SDNA為對象的基因芯片技術，在4．5h內的純細菌培養液中能檢測到235個菌體的金葡菌；同時，一種通過對168rDNA擴增引物3’端單堿基錯配來鑒定S．aUreUS的策略也具有很好的效果。rRNA雜交試驗在檢測金葡菌時表現出良好的特異性，但對臨床樣品的檢測中缺乏很好的靈敏性而限制了它的應用。
e．轉錄調控基因。D·Liu等報道了對S．aureus中編碼轉錄調控因子的基因進行分析，發現了兩個特異性片段Sa0836和Sa0856，并分別設計相應引物進行PCR，結果表明該序列對S．aureus具有明顯的特異性，可檢測所有待測的23株金葡菌，而其他類型葡萄球菌及常見菌均無此基因，表明該基因有很好的鑒別特異性。
f．Sma I限制性酶切片段特異序列。一段44kb的Sma I序列被證實為金葡菌特異性序列。J．Stepan等將13株不同類型的金葡菌菌株基因組的EcoR工酶切片段與Sma工序列雜交，發現了在所有菌株中均存在一段2052bp的特異序列，通過設計引物，在待測的216株金葡菌中均特異性擴增出826bp片段，而其他陰性對照菌均無該特異片段。
g．基因組特異性插入片段。Francis Martineau等在廣泛分析了金葡菌基因組文庫后得到一段442bp的、編碼未知功能的特異性插入片段，通過PCR擴增在所有待測82株金葡菌中，均表現出特異性結果，而在其他類型葡萄球菌及非葡萄球菌致病菌中均未擴增，特異性強，操作簡便，耗時短（僅1h）。
