1．基因組DNA
基因組DNA所包含的遺傳信息決定了不同生物之間以及同種生物的不同亞種／株系之間的差異，對于副溶血弧菌基因組DNA的研究將有助于對該菌更深層次的了解。關于弧菌的基因組，國外有很多報道，多數學者認為弧菌具有兩條環狀的染色體，Heidelberg等公布了霍亂弧菌的基因組全序列。
Yamaichi等和Togomori等分別對副溶血弧菌KP+株和KP-株的基因組進行了研究，結果表明兩者都具有兩條呈環狀的大染色體和小染色體，且相應的基因位點在基因組中高度保守，但大染色體中的基因排列順序則有明顯差異，tdh基因位于小染色體上一個單個Not I限制性內切酶消化片段。與霍亂弧菌的染色體比較發現，兩者的大染色體大小基本相同，但小染色體則相差很大（分別為1. 9Mb和1．1Mb）。作者認為，位于小染色體上的tdh基因編碼區形成一個致病區是導致這種差異的主要原因。Togomori等通過比較KP+株和KP-株的基因圖譜還發現，利用限制性內切酶I--CeuI消化染色體DNA后兩者分別攜帶10個和9個rrn操縱子，有研究報道rrn操縱子數目增加有利于菌體在持續流動的環境中存活。
2．質粒
細菌質粒的研究，特別是質粒圖譜分析，既可應用于細菌毒力、耐藥性和致病性等方面研究，還可應用于傳染性疾病、食物中毒流行病學調查，其簡便、快速、準確性高的優點，日益受到重視。關于副溶血弧菌質粒的研究，國內外均有報道，一般認為V．p中有兩種柿＃恢治揮忻饗隕锘钚緣鬧柿＃匆沃柿＃硪恢治猂質粒，其可介導對多種抗生素的耐藥性。Arai在ST550Vp質粒研究中也證實存在兩種質粒，一種類型質粒的分子質量為55Mu，另一種類型的質粒（pSA55）的分子質量為112Mu，轉移結合試驗證實，攜帶pSA55質粒的轉移結合子有較高的抗藥活性，可介導V．p對*、四環素、*、*、*和*氧氨嘧啶的抗藥性，只攜帶55Mu質粒的V．p則喪失抗藥性。
3．鞭毛基因系統
國內外試驗證明，副溶血弧菌具有兩種鞭毛形式，即周身鞭毛和極性鞭毛。當生活在底物表面或黏性環境中，細菌表達周生鞭毛系統；當生活在非黏性的液體中，細菌表達極鞭毛系統。遺傳分析指出兩者的基因系統不同，其結構和裝配成分并不分享。副溶血弧菌極鞭毛約有57個基因和3個開放讀碼框編碼，其lla1基因開放讀碼框為306bp，編碼蛋白大小類似于大腸桿菌fliT基因產物，與其他種細菌鞭毛相比無類似物。可見溶血弧菌鞭毛基因系統復雜，可能要幾個基因表達產物才能起到免疫保護作用
