1．核素標記物 放射性核素是目前應用zui多的一類探針標記物。放射性核素的靈敏度*，可以檢測到10-14～10-18克的物質，在zui適條件下可以測出樣品中少于1 000個分子的核酸含量。常用標記核酸探針的核素有32P、3H、35S，在Southern印跡雜交中以“Pzui常用。還應根據標記方法的不同選擇相應標記方位的核素，一般情況下，大多數標記方法需要的是a—32P，而5，末端標記必須是r-32P。
2．非放射性標記物 多年來，科學家們致力于尋找一些安全、可靠、靈敏度高的物質代替放射性核素用于核酸分子雜交，并取得了一定的進展，部分非放射性標記物已在國內外逐步推廣使用。其優點是無放射性污染，穩定性好，可以較長時間存放，從而更便于臨床診斷等方面的應用。但此類非放射性標記物的缺點是靈敏度及特異性都不太高。根據其檢測方法，非核素標記物可分為以下4類。
（1）半抗原：*（biotin）和地高辛（DIG）都是半抗原，可以利用這些半抗原的抗體進行免疫學檢測，根據顯色反應檢測雜交信號。這兩種物質是目前使用較普遍的非核素標記物。
（2）配體：*不僅是半抗原，還是親和素（avidin）的配體，故可用*與親和素反應進行雜交信號的檢測。
（3）熒光素：如FITC、羅丹明類等，可以被紫外線激發出熒光進行觀察，主要適用于細胞原位雜交。
（4）化學發光探針：一些標記物可與某種物質反應產生化學發光現象，通過化學發光可以像核素一樣直接使X線膠片上的乳膠顆粒感光?；瘜W發光探針可能是今后非核素標記物研究的主要方向。
