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技術文章

Z全面的人類表觀基因組圖譜

閱讀:418發布時間:2015-2-26

《自然》(Nature)雜志及其旗下相關的六大期刊同時在線發表24篇科技論文,發布涉及100多種人類細胞和組織的*張表觀基因組(Epigenome)綜合圖譜。 
表觀基因組指的是附著在基因組上的化學標記模式,其決定了哪些基因會被激活以及它們激活的方式及時間。由于表觀基因組調控了人體的正常發育,*表觀遺傳調控失常與從癌癥、自閉癥到心臟病等廣泛的疾病相關聯,這一巨大的數據寶庫預計將提供有關人類健康和疾病生物學大量新見解(延伸閱讀:4篇Nature文章公布重大成果:三大物種表觀基因組圖譜 )。
這24篇論文是表觀基因組學路線圖計劃(Roadmap Epigenomics Program,REP)幾百名參與者數年研究工作的頂點成果,這一計劃是在2006年由一些學術科學家以及美國國立衛生研究院的核心成員提出。所有成果均可在Nature的表觀基因組路線圖上免費獲取。 
為REP提供數據的有NIH四大路線圖表觀基因組繪圖中心(REMC),加州大學舊金山分校的Joseph F. Coslo博士是其中一家機構的主任。Coslo說:“在機體的所有細胞中人類基因組的DNA序列都是相同的,而一些細胞類型例如心臟細胞、腦細胞或皮膚細胞則具有*的特征,特別容易受到各種疾病的影響。通過操控基因表達,表觀基因組使得攜帶相同DNA的細胞能夠分化為人體中200多種細胞類型。"
Coslo說,在癌癥研究中新數據將加速融合已有的基因組及表觀基因組觀點。有一些癌癥研究人員從事基因組研究,揭示突變、刪除等等的作用。另一些則研究表觀基因組。他們幾乎是在平行軌道上從事研究工作,彼此卻沒有很多的交流。過去的五六年里研究者們在重新審視這類討論,因為癌癥中zui頻發的突變影響了一些表觀基因組調控因子。因此基因組中的一些突變是通過表觀遺傳學機制來發揮作用,現在一些大型制藥公司將表觀基因組視作是一個重要的靶標。 
新研究報告了來自十多家實驗室和REMCs四大中心的,111種不同類型細胞和組織表觀基因組的數據。作者們寫道:“這一迄今為止zui全面的人類表觀基因組景觀圖譜,不僅對于正常人類生物學具有重要的意義,我們的數據集對于人類疾病的研究也將具有極大的價值,例如有數篇姊妹文章探討了自身免疫疾病、阿爾茨海默氏癥和癌癥的背景。"
在這一系列的研究論文中,有4篇Nature文章討論了發育過程中可能定義了不同細胞類型的數組轉錄因子。Ziller等通過用胚胎干(ES)細胞生成6種神經祖細胞譜系,在體外模擬了神經元發育。他們開發出了一些計算模型預測出了與神經分化核心增強子以及一些*神經譜系增強子結合的轉錄因子。Tsankov等研究了由ES細胞分化的zui早三個細胞譜系中與啟動子和增強子結合的數組轉錄因子。 
一些Nature文章演示了如何利用表觀基因組圖譜來研究人類生物學。Gjoneska等利用一種小鼠神經退行性變模型模擬了阿爾茨海默氏癥。Farh等開發出了一種算法,確定了自身免疫性疾病的一些潛在非蛋白質編碼遺傳變異。Polak等則在多種癌癥中調查了一些癌癥相關遺傳突變的分布,并將它們與一些細胞類型特異性表觀基因組特征起來。
另有一些Nature論文探討了組蛋白修飾,提供了發育過程中及成人期組蛋白標記、長距離的染色質互作與基因表達之間關系的一些新見解。


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