紅外線滅菌器碰到以下狀況時需要注意
由被檢驗標本或培養物中取材觀察細菌形態時，必須使用接種環。接種環系采用一段長約5-8cm硬度適中的鎳質電阻絲或特制鉑絲，安置在一金屬或玻璃棒上制成。無環者則稱接種針。接種環或接種針每次使用前后，均須用紅外線滅菌器滅菌，即在紅外線滅菌器內燒灼1次，在腔內金屬棒或玻璃棒部分亦須轉動著用進滅菌。接種環經紅外線滅菌器滅菌后，需待冷卻后再沾取標本或放置于工作臺上，以防燙死微生物和燒損桌面。紅外線滅菌器也可對玻璃材料的微生物培養管進么消毒，此時特別注意管中不能有任何液體和其它物體，以免里面的液體濺出或發生爆炸等危險事故。不染色標本和染色標本觀察后，應立即投入消毒液內滅菌，使用過玻片，務須消除玻片上的染色細菌后再用，否則再次使用時可能做出錯誤診斷。
受箱內氣流干擾和電熱管啟閉影響較大，對烘箱前后二段風壓控制有較高的要求；由于加熱的緩和決定箱體長度比熱風循環型要長，只能采用整排瓶子推入方法，才使瓶子的升溫基本一致，從而能基本確保熱穿透指標一致，紅外線滅菌器箱內滅菌溫度能確保滅菌后瓶子無菌和無熱原，箱體內壁材料采用奧氏體不銹鋼，內部接縫應采用連續氬弧焊，焊縫必須平整光滑，彎角應園弧過渡，材料折邊不能有死角和縫隙。結構上無盲區，便于清洗和防止塵埃粒子沉積，箱體外表面可采用不銹鋼拉絲板或制后拋光；箱體保溫性能好，正常使用時外殼表面溫升≤室溫+12℃(不含進口處)，充填保溫材料不得含Cl-，且確保不會污染口服液瓶和箱內空氣，結構設計上要考慮溫差應力引起箱體的變形。
