混凝沉淀的運行控制包括加藥、混合、混凝和沉淀等工藝。

混合和絮凝是混凝沉淀工序的2個重要的工藝過程，主要影響因素包括：

1、混凝劑與原水的混合，混凝劑水解時間及其短促，要求快速混合，使混凝劑在原水中快速均勻的擴散，一般來說，混合強度要大，時間要短。對于再生處理，這一點更為重要。再生處理的原水多為二級處理出水，形成的絮體較為松散，不緊密，易被長時間劇烈的水流打散，混合時間通常為30-60s。一般采用水泵翼輪和機械攪拌進行混合，也可以采用管式混合器。

2、反應強度：在充分混合的基礎上，為了增加形成絮凝體與懸浮微粒相互碰撞的機會，就需要適宜的反應強度來保證形成的絮體越來越大，使其具備良好的可沉淀或過濾條件。

3、混凝劑的種類，主要取決于要去除的膠體和細微懸浮物的性質和濃度。如呈膠體狀態，電位較高，應選用無機混凝劑使其脫穩凝聚，如絮體細小，還需投加高分子絮凝劑或配合使用活化硅膠等助凝劑。大多數情況下，無機混凝劑與高分子混凝劑并用，可提高混凝效果。高分子絮凝劑鏈狀分子所帶電荷量越大，電荷密度越高，分子鏈越能充分延伸，吸附架橋空間范圍也就越大，絮凝效果越好。

4、混凝劑投加量，不同水質的原水，需要投加不同劑量的混凝劑。投加量過低，部分微小顆粒不能凝聚，絮體細小，濁度去除達不到預期效果，反之，混凝劑投加過多，不僅造成浪費，還會降低水的PH值，使凝聚效果變差。在實際運行操作中，需要定期密切觀察沉淀池絮體形成情況和沉淀池的出水水質。

5、混凝劑投加順序：使用多種混凝劑是，其最佳投加順序需要通過試驗確定。一般而言，無機混凝劑與有機混凝劑并用時，先投加無機混凝劑，在投加有機絮凝劑。但所處理的膠體在50um以上，常先投加有機絮凝劑進行吸附架橋，再加無機混凝劑壓縮雙電層而使膠體脫穩。

6、水力條件：在混合階段，要求混凝劑與水迅速均勻混合。到了反應階段，既要創造足夠的碰撞機會和良好的吸附條件，讓絮體有足夠的成長機會，又要防止生長的小的絮體被打碎，因此，攪拌強度要逐步減小，反應時間長。