給各位小伙伴腦補一下非特異性擴增,即進行PCR所擴增出來的條帶不是所要的,引物與模板在非目的條帶處有錯配,導致延伸產物不是目的條帶。例如引物二聚體,即引物在退火過程中產生了hairpin結構或其他二級結構,或者引物在模板的某些位置非特異性地結合,也同樣會產生非特異性擴增。
我們都知道,PCR產物都是通過引物延伸產生的。當引物產生了二聚體或者非特異性擴增產物之后,引物本身就無法再延伸形成PCR產物了,這樣的情況下,非特異性擴增產物越是多,那目的產物就越是少。如果在qPCR過程中,就會在熔解曲線中形成雙峰。
小伙伴們遇到這樣的問題,首先想到的可能是加入DMSO來阻止引物二聚體形成,或者EDTA來調節體系的離子濃度。但是具體問題具體分析,我們不能病急亂投醫,這里老談給小伙伴們整理了解決方法,希望可以幫助大家快速、準確的搞定這個“小問題”。
1、引物設計的過程中要用Primer premier 5.0來驗證一下二聚體;
2、 引物合成后,先做一次梯度PCR,檢測zui合適的退火溫度,一般高退火溫度可以提高引物對模板的特異性從而降低引物二聚體;
3、 降低Mg2+濃度,鎂離子濃度高,會導致大量的非特異性擴增,但是沒有鎂離子的話,也會導致Taq酶的失活;
4、降低dNTP濃度,dNTP也是非特異性擴增的一個罪魁禍首,降低它的濃度,也能有效降低二聚體及其他非特異性擴增;
5、降低引物濃度,一般的PCR引物都是過量的,降低了引物濃度自然也能降低引物之間形成二級結構的可能性;
6、提高退火溫度,這個道理很簡單,引物的退火溫度提高,引物間的二級結構形成可能性就會降低;
7、延長退火時間,這個也可以減弱引物間結合的可能性;
8、DMSO及甜菜堿,這些PCR促進劑,主要是用于CG含量高的模板上,降低DNA的二級結構的產生,但根據經驗,加入DMSO之后需要同時提高一點退火溫度來補平(qPCR不太適用);
9、熱啟動法,通過95℃的高溫熱啟動,高溫解鏈,使得引物間的二級結構破壞,以此降低二聚體產生。
SW48
SW480
SW579
SW620
SW626
SW837
SW872
SW1116
SW1222
SW1463
SW1990
SZ95
T CELL
T HESCS
T2
T3A
T24
T-47D
T84
T98G
TALL-104
TC-1
TCA8113
TCAM-2
TCCSUP
TCMK-1
TE 354.T
TE-1
TE-3
TE-6
TE-10
TE-22
TE-13
TE671
TEV-1
TF-1
TFK-1
TH-1
TH17
THC 8307
THLE-2
THLE-3
THP-1
THP-2
TJ905
TK-1
TM3
TM4
TMD8
TOV-21G
TOV-112D
TPC-1
TR146
TREG
TT
TT2609-C02
TU212
TU686
TUL-1
U-2 OS
U14
U27
U87
U-87MG
U-118MG
U251
U266
U343 MGA
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