噴灌系統的設計一般是按滿足最不利的條件作出的，可滿足需水要求。而在系統運行時，應根據實際情況確定灌水計劃，包括灌水時間、灌水延續時間、灌水周期等。
1、灌水時間
灌溉季節，在一天內的大部分時間均可灌水。但應避免在炎熱的夏季中午灌水，以防燙傷，而且此時蒸發量大，水的利用率低。夜間灌水可避免上述情況，但人們往往擔心因葉面濕潤時間太長，容易引發病害。夜間灌水的這一弊端可通過施用殺菌劑來解決。清晨灌水，陽光和晨風可使葉面迅速變干，是較為理想的灌水時間。但對于非自動控制的噴灌系統，夜間和清晨灌水對操作人員會帶來一些不便，因此，傍晚灌水也是較好的選擇。
灌水時間還受到人為活動的限制。如高爾夫球場，基本上都在夜間灌水，這樣不會對白天球員打球產生影響；足球場應在比賽之前一天灌水完畢，以減輕比賽時對場地的損壞和影響運動員的比賽成績。
2、灌水延續時間
灌水延續時間的長短，主要取決于系統的組合噴灌強度和土壤的持水能力，即田間持水量。當噴灌強度大于土壤的滲透強度時，將產生積水或徑流，水不能充分滲入土壤；灌水時間過長，灌水量將超過土壤的田間持水量，造成水分及養分的深層滲漏和流失。因此，一般的規律是，砂性較大的土壤，土壤的滲透強度大，而田間持水量小，故一次灌水的延續時間短，但灌水次數多，間隔短，即需少灌勤灌；反之，對粘性較大的土壤則一次灌水的延續時間長，但灌水次數少。
采用測定土壤水分的儀器，可以更加科學地確定灌水延續時間。目前在工程上常用的儀器有電子土壤水分測試儀和張力計。
3、灌水周期
灌水周期，即灌水間隔或灌水頻率，除與上述提到的土壤性質有關外，主要取決于本身。灌水過于頻繁，會使發病率高，根系層淺，抗踐踏性差，生長不健壯；而灌水間隔時間太長，草坪會因缺水使正常生產受到抑制，影響草坪質量。
灌水計劃不是一成不變的，應根據不同季節按旬或月為單位制定，但在實際執行時需參照實際灌水效果和天然降雨情況隨時加以調整。
