一體化污水處理設備安裝完畢后可進行系統調試，即培養填料上的生物膜，污水泵按額定的流量把污水入設備內，啟動風機進行曝氣，每天觀察接觸泡內填料的情況，如填料上長出橙黃或橙黑色的膜，表明生物膜已培養好，這一過程一股需要7~15d，如是工業污水處理設備，先用生活污水培養好生物膜后，再逐漸進工業污水進行生物膜馴化。
一體化污水處理設備的維護內容：
(1)出現故障必須及時排除。主要故障為管路堵塞和風機水泵損壞，如果不及時排除故障將影響生物膜的生長，甚至會導致設備生化系統的破壞；
(2)按產品說明書的要求，定期清理污泥池內的污泥；
(3)設備的主要易損部件為風機和水泵，必須有一套保養制度，風機每運行10000h必須保養一次，水泵每運行5000~8000h必須保養一次；平時在運行過程中，必須保證不能反轉，如進污水，必須及時清理，更換機油后方能使用。
(4)設備內部的電氣設備必須正確使用，非專門的人員不能打開控制柜，應定期請專門的人員對電氣設備的絕緣性能進行檢查，以防發生觸電事故。
一體化污水處理設備的運行：
(1)開機時必須先啟動曝氣風機，逐漸打開曝氣管閥門，然后啟動污水泵(或開啟進水閥門)；關機時必須先關污水泵(或關閉進水閥門)，再關閉曝氣風機。
(2)如污水較少或沒有污水，為保證生物膜的正常生長，使生物膜不死亡脫落，風機可間歇啟動，啟動周期為2h，每次運行時間為30min。
(3)嚴禁砂石、泥土和難以降解的廢物(如塑料、纖維織物、骨頭、毛發、木材等)進入設備，這些物質很難進行生物降解，且會造成管路堵塞。
(4)防止有毒有害化學物質進人設備，這些物質將影響生化過程進行，嚴重的將導致設備生化反應系統破壞。
(5)對于地埋式設備，在運行過程中，必須保證下雨不積水；設備上方不得停放大型車輛；設備一般不得抽空內部污水，以防地下水把設備浮起。
