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此方法適應使用于膜已經有污染，要去除污染的情況。將MicroTreat 按1%濃度配制成殺菌劑溶液（對于醋酸纖維素膜，應用硫酸或鹽酸將溶液pH值調至4～6），用低壓泵打入系統，浸泡60分鐘，如系統污染嚴重，應延長浸泡時間。然后用反滲透產品水或除鹽水沖洗15分鐘；對于污染嚴重的系統，還可以將MicroTreat按20%濃度配制成殺菌劑溶液，低壓循環沖洗，時間不少于60分鐘。（此方法不適用于醋酸纖維素膜）。
注：在使用MicroTreat浸泡之前，應先用酸洗，以去除膜表面上可能存在的氫氧化物。浸泡后，用堿洗（推薦使用清力公司的清洗劑Diamite）以去除生物體的尸體及有機殘渣。
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