牲畜在屠宰前先圈欄（臨時飼養場）內一天左右，以進行觀察和檢疫，此時只供水不喂食，并使之不受風雨侵擾。屠宰之前先用溫水沖洗牲畜，清除其體外粘附的污物與糞便，然后送入屠宰區屠殺。屠殺時先用機械、麻電或化學（CO2）方法使牲畜至暈，然后懸掛后腳宰殺放血。屠殺后豬一般不去皮，直接進水水溫為60℃的燙毛池燙煮后去毛，對牛則采用機械剝皮機去皮，然后剖肚取內臟，把可食用部分和不可食用部分分開，再沖洗其身體，分割、冷藏和加工成各色肉食品。
血可以加工成藥劑，脫水后可作為動物食料或外運，內臟可加工為牛肚和玩賞動物的食料等，皮經清洗、去肉和鹽浸處理后，送制革廠進一步加工。肉類加工廠還進行油脂提取，提取食用油（如豬油）和非食用油（脂肪、油脂）。
肉類加工廢水主要來源于圈欄沖洗、牲畜的淋洗、屠宰、退毛、解體、眮修、副食品加工，洗油、油脂加工和其它廠房地坪沖洗等。此外還有來自車間衛生設備、洗衣房等設施的生活污水和冷凍機房的冷卻水。
