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技術文章

細菌基因組DNA提取實驗

閱讀:262發布時間:2015-6-11

實驗方法原理    本試劑盒采用*的細胞裂解和相分離技術,結合DNA 制備膜選擇性地吸附DNA 的方法達到純化基因組DNA 的目的。適合于從1.0×109 細菌中獲得多至20 μg 的基因組DNA。用于PCR、Southern 印跡分析、RAPD、RFLD 等分子生物學實驗。
實驗材料    細菌培養物
試劑、試劑盒    細菌基因組DNA試劑盒
儀器、耗材    DNA 制備管小量濾器離心管
實驗步驟    
一、試劑盒組成、貯存、穩定性 
 
1.  說明書,耗材:DNA 制備管,小量濾器,2 ml 離心管,1.5 ml 離心管。
 
2.  RNase A:50 mg/ml,室溫保存。
 
3.  *:50%甘油溶解*,使*濃度為50 mg/ml,-20℃密閉貯存。
 
4.  Buffer S:細菌原生質制備液,加入RNase A 后,4℃密閉貯存。
 
5.  0.25M EDTA:室溫密閉貯存。
 
6.  Buffer G-A:裂解液,室溫密閉貯存。
 
7.  Buffer G-B:蛋白去除液,室溫密閉貯存。
 
8.  Buffer DV-A:Buffer DV 的制備液,請參照實驗準備Buffer DV 的配制方法配制,室溫密閉貯存。
 
9.  Buffer DV:相分離液,室溫密閉貯存。
 
10.  Buffer BV:DNA 結合液,室溫密閉貯存。
 
11.  Buffer W1:洗滌液,室溫密閉貯存。
 
12.  Buffer W2 concentrate:去鹽液。使用前按試劑瓶上的體積加入無水乙醇并混合均勻,室溫密閉貯存。可用100%乙醇或95%乙醇。
 
13.  Eluent :2.5 mM Tris-HCl,pH 8.5,室溫密閉貯存。
 
二、實驗準備 
 
1. *次使用時,在Buffer W2 中按試劑瓶上的體積加入無水乙醇并混合均勻。
 
2. 準備Buffer DV:取2 ml Buffer DV-A,125 ml 異丙醇,75 ml 異丁醇,加入提供的250 ml 試劑瓶中,混合均勻。
 
3. 4℃預冷Buffer DV。
 
4. *次使用試劑盒時,用50%甘油溶解*,使*濃度為50 mg/ml。
 
5. *次使用試劑盒時將隨試劑盒攜帶的RNase A 全部加入Buffer S 中,混合均勻。
 
6. 準備65℃水浴。
 
7. 檢查Buffer G-A 和Buffer G-B 是否出現沉淀,若出現沉淀,于65℃水浴加熱至沉淀*溶解后再使用。
 
8. 將Eluent 或去離子水加熱至65℃有利于基因組DNA 的充分洗脫。
 
三、操作步驟 
 
1. 用2 ml 離心管收集1.0×109(1 ml 菌液OD600 為1-1.5)的細菌培養物,12 000×g 離心30 s,棄盡上清。用150 μl 已加入RNase A 的Buffer S 懸浮沉淀。
 
* 確認RNase A 已加入Buffer S 中。
* 懸浮需均勻,不應留有小的菌塊,否則將影響溶菌效果。
 
2. 加入20 μl *貯存液,混合均勻,室溫靜置5 min。
 
3. 加入30 μl 0.25 M EDTA(pH 8.0),混合均勻,冰浴5 min。
 
4. 加入450 μl Buffer G-A,旋渦振蕩15 s,65℃水浴10 min。
 
5. 加入400 μl Buffer G-B 和1 ml Buffer DV(4℃預冷),用力混合,12 000×g 離心2 min。
 
* 請在實驗前按照實驗準備步驟2 內容,準備Buffer DV。
 
6. 盡可能丟棄上相,保留相間沉淀和下相。加入1 ml 4℃預冷Buffer DV,用力混合,12 000×g 離心2 min。
 
7. 丟棄上相,將下相轉移至濾器(濾器置于2 ml 離心管中)。12 000×g 離心1 min。
 
* 上相無需*棄盡,在轉移無色下相時偶有混入的上相,可在Tip 頭內迅速分相,便于丟棄。
* 如在轉移過程中吸入少量界面沉淀,不必去除,可過濾除去。
* 有色上相務必除盡,否則將抑制DNA 結合到silica 膜上。
 
8. 棄濾器,在濾液中加入400 μl Buffer BV,混合均勻。
 
步驟9-12 可選擇離心法或負壓法
 
A. 負壓法
 
9A. 將制備管插到負壓裝置的插口上,將步驟8 中的混合液移入制備管中,開啟并調節負壓至-20-30 英寸汞柱,吸盡管中溶液。
 
10A. 保持負壓,加入500 μl Buffer W1,吸盡管中溶液。
 
11A. 保持負壓,沿管壁四周加入700 μl Buffer W2,吸盡管中溶液;以同樣的方法再用700 μl BufferW2 洗滌一次。
 
* 確認在Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
 
* 沿管壁四周加入Buffer W2 有助于*沖洗沾附在管壁上的鹽份。
 
* 兩次用Buffer W2 沖洗能確保鹽份被*清除,消除對酶切反應的影響。
 
12A. 將制備管置于一個2 ml 離心管中,12 000×g 離心1 min。
 
B. 離心法
 
9B.  將制備管置于2 ml 離心管中,將步驟8 中的混合液移入制備管中,12,000×g 離心1 min。
 
10B.  棄濾液,將制備管置回到原2 ml 離心管中,加入500 μl Buffer W1,12 000×g 離心1 min。
 
11B.  棄濾液,將制備管置回到原2 ml 離心管中,加入700 μl Buffer W2,12 000×g 離心1 min。
 
以同樣的方法再用700 μl Buffer W2 洗滌一次。
 
* 確認在Buffer W2 concentrate 中已按試劑瓶上的體積加入無水乙醇。
 
* 兩次用Buffer W2 沖洗能確保鹽份被*清除,消除對酶切反應的影響。
 
12B.棄濾液,將制備管置回到原2 ml 離心管中,12 000×g 離心1 min。
 
13. 將制備管置于另一潔凈的1.5 ml 離心管中,在silica 膜*加100-200 μl Eluent 或去離子水,室溫靜置1 min。12 000×g 離心1 min 洗脫DNA。
 
* 將去離子水或Eluent 加熱至65℃將提高洗脫效率。
收起 
注意事項    
1.  Buffer G-B、Buffer BV 和Buffer W1 含刺激性化合物,操作時要戴乳膠手套和眼鏡,避免沾染皮膚、眼睛和衣服、謹防吸入口鼻。若沾染皮膚、眼睛時,要立即用大量水或生理鹽水沖洗,必要時尋求醫療咨詢。


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