任何時候養魚，它們都很擁擠，而且壓力很大。擁擠的環境降低了水質，增加了病原體的傳播。壓力會降低免疫反應，使魚更容易生病。這是一種危險的組合，在所有養殖情況下都會導致疾病和大量魚類死亡。在再循環系統中，魚類比傳統的水產養殖要擁擠得多，水質會迅速惡化。減少疾病爆發的一個方法是對系統水進行消毒。這通常是嘗試使用紫外線消毒器或臭氧。

一、使用紫外線消毒器

紫外光是在可見光范圍內剛剛通過紫色的較短波長的輻射。較短的波長比較長的波長包含更多的能量。當然，紫外線輻射是曬傷的原因，紫外線在曬傷過程中造成的破壞(改變細胞的DNA和其他化學物質)也是殺死微生物的原因。紫外線殺菌器(殺菌器有點言過其實，正確使用這些裝置可以減少病原體的負荷，但是水不會是無菌的)出售給水產養殖直接水流接近紫外線燈泡。該裝置的有效性取決于燈泡的強度、水與燈泡的平均距離以及流速(決定照射的持續時間)。

雖然紫外線是一種有效的消毒劑，但在水中使用卻有問題。首先，水本身吸收輻射，其次，水中的粒子和顏色吸收得更多。紫外線會殺死水中的微生物，但它必需先到達那里。再循環系統中的水通常會被污染，并帶有大量較小的顆粒，應在系統中水干凈的地方進行紫外線消毒，這種方法在去除固體顆粒和泡沫分離特別強烈的系統中效果好。此外，當選擇一個裝置時，明智的做法是“加大"該裝置，選擇一個比系統實際容量更大的裝置(以流速表示)。在這一領域的另一個警告是紫外線燈泡會很快斷電，并且必需至少每年更換一次。即使有這些缺點，事實是紫外線消毒可以比臭氧消毒便宜得多。

二、臭氧化

臭氧(O3)是三原子氧。游離氧通常以雙原子形式存在2)氣體，當然，但是如果成對的原子被能量(高層大氣中的宇宙射線或我們世界中的電弧)撕裂，臭氧就會形成。臭氧不穩定，半衰期約為12小時。它具有高活性；第三個氧原子很容易“釋放"給許多化合物，氧化它們。這種強烈的氧化反應殺死了微生物，并使臭氧對人體肺部造成損害。由于這種不穩定性，臭氧必需在現場產生。制造臭氧有幾種方法，水產養殖中常用的方法是電暈放電發生器，它利用電弧分裂雙原子分子。紫外線臭氧發生器也用于水產養殖，但它們只能產生少量的紫外線。臭氧可以由空氣或純氧的原料氣體制成，無論哪種情況，氣體都需要清潔干燥。空氣發電需要更多的能量，因為電暈每秒鐘產生的臭氧較少。臭氧一旦產生，就必需轉移到水中。雖然可以使用前面章節中提到的任何氧氣轉移方法，但是廢氣中臭氧的損失是一個特別關注的問題，因為臭氧是昂貴的，并且對人類是危險的。也許好使用一種不會產生廢氣的轉移方法，比如通氣錐。如果產生廢氣，應將其排出室外。

像紫外線一樣，臭氧必需與病原體有Z短的接觸時間才能殺死它。通常，臭氧必需在十分之幾毫克/升的臭氧濃度下與病原體接觸一兩分鐘。實際上，在再循環系統中很難實現這一點，因為在再循環系統中有大量的化合物與臭氧反應，因此很快就會消散。所以，就像紫外線一樣，這與其說是臭氧殺菌的問題，不如說是在某種程度上減少病原體的負荷。如果保持足夠的臭氧殘留來殺死病原體，在它流回魚的上方之前，必需小心降低濃度。它可以在填充塔中汽提，這通常是不可取的，因為相關的氧氣損失和人類健康問題。有趣的是，波長比產生臭氧的波長稍長的紫外線可以分解臭氧。也許，實際的方法是在再循環回路中臭氧化側流，而不是整個流。這樣，殺病原體的濃度就更高了，但是當它在進入魚缸之前重新進入主流時，它就被稀釋了。

除了消毒之外，臭氧在再循環系統中還有其他積極的作用，系統水質的改善在改善魚類健康方面可能和殺死病原體一樣重要。首先，臭氧分解時會產生氧氣。它也直接將亞硝酸鹽氧化成硝酸鹽，事實上，系統的生物過濾器可能會失去它的硝化細菌。這不是問題，除非臭氧化由于某種原因而終止，此時亞硝酸鹽可能會達到危險水平！它通常也會氧化有機化合物，澄清水，并將復雜分子分解成更小、更易生物降解的化合物。臭氧對于再循環系統有幾個有益的效果，但是安裝和操作起來有些復雜和昂貴。由于這些原因，它通常僅用于也使用充氧的大規模高強度操作。