1 ChIP實驗

      通過與染色質片段共沉淀和PCR技術，在體內檢測與特異蛋白質結合的DNA片段。將處于適當生長時期的活細胞用甲醛交聯后將細胞裂解, 染色體分離并打碎為一定大小的片段200bp-1000bp;然后用特異性抗體免疫沉淀目標蛋白與 DNA交聯的復合物, 對特定靶蛋白與DNA片段進行富集。采用低pH值條件反交聯, DNA與蛋白質之間的 Schiff鍵水解, 釋放DNA片段。通過對目標片段的純化與檢測,獲得DNA與蛋白質相互作用的序列信息。

      2 RIP實驗

      RIP技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA結合蛋白免疫沉淀），是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術。運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行分析；即用抗體或表位標記物捕獲細胞核內或細胞質中內源性的RNA結合蛋白，防止非特異性的RNA的結合，免疫沉淀把RNA結合蛋白及其結合的RNA一起分離出來，結合的RNA序列通過microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或 高通量測序（RIP-Seq）方法來鑒定。是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，能幫助我們發現miRNA的調節靶點。

      3 RNA pull-down實驗

      使用體外轉錄法標記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過western blot實驗檢測特定的RNA結合蛋白是否與RNA相互作用。

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