海關特殊監管區采取“圍網"封閉管理的方式不同，平潭島本島324平方公里將都是監管區。而且在全國實施“一線放寬、二線管住、人貨分離、分類管理"的分線管理模式，據悉，實施分線管理模式的目前僅平潭和橫琴，橫琴口岸主要是針對澳門地區。據介紹，所謂的一線、二線，就是平潭與境外之間的口岸設定為“一線"管理，而平潭與中華人民共和國關境內的其他地區（簡稱為區外）連接的通道設定為“二線管理"。據福州海關介紹，分線管理模式賦予了平潭綜合實驗區更加靈活的貿易管制政策。平潭進口貨物在“二線"、出口貨物在“一線"執行貿易管制政策，這與目前海關特殊監管區域不論進出口均在二線執行貿易管制政策有了大突破，使得平潭貿易管制措施更靈活、更便利，有利于平潭加工、倉儲物流等產業發展，有利于資金、人才向平潭集聚。同時，該模式是海關適應平潭關于兩岸交流合作和兩岸共同家園建設的需求，應對保稅加工、保稅服務等業態發展進行的前沿探索和創新。