配制培養基的*原則是選擇適宜的營養物質，總體而言，所有微生物生長繁殖均需要培養基含有碳源、氮源、無機鹽、生長因子、水及能源，但由于微生物營養類型復雜，不同微生物對營養物質的需求是不一樣的，因此首先要根據不同微生物的營養需求配制針對性強的培養基。
第二是營養物質濃度及配比合適培養基中營養物質濃度合適時微生物才能生長良好，營養物質濃度過低時不能滿足微生物正常生長所需，濃度過高時則可能對微生物生長起抑制作用，例如高濃度糖類物質、無機鹽、重金屬離子等不僅不能維持和促進微生物的生長，反而起到抑菌或殺菌作用。
第三是控制pH的條件培養基的pH必須控制在一定的范圍內，以滿足不同類型微生物的生長繁殖或產生代謝產物。各類微生物生長繁殖或產生代謝產物的zui適pH條件各不相同，一般來講，細菌與放線菌適于在pH7～7.5范圍內生長，酵母菌和霉菌通常在pH4.5～6范圍內生長。
第四個原則是控制氧化還原電位不同類型微生物生長對氧化還原電位(F)的要求不一樣，一般好氧性微生物在F值為+0.1V以上時可正常生長，一般以+0.3一+0.4V為宜，厭氧性微生物只能在F值低于+0.1V條件下生長，兼性厭氧微生物在F值為+0.1V以上時進行好氧呼吸，在+0.1V以下時進行發酵。
除了以上幾個原則外還有注意的原則則是原料來源的選擇在配制培養基時應盡量利用廉價且易于獲得的原料作為培養基成分，特別是在發酵工業中，邁健培養基用量很大，利用低成本的原料更體現出其經濟價值。
zui后一個重要的原則是滅菌處理要獲得微生物純培養，必須避免雜菌污染，因此對所用器材及工作場所進行消毒與滅菌。對培養基而言，更是要進行嚴格的滅菌。對培養基一般采取高壓蒸汽滅菌，一般培養基用1.05kg/cm2，121.3℃條件下維持15～30min可達到滅菌目的。
