基因受許多不同形式的調(diào)控所支配，調(diào)控可以改變其蛋白質(zhì)的形式，并確定一個(gè)基因的產(chǎn)物是否會(huì)產(chǎn)生？產(chǎn)生多少？這種調(diào)控許多發(fā)生在DNA被轉(zhuǎn)錄成RNA期間或剛剛結(jié)束的時(shí)候。

    zui近，在植物進(jìn)行的一項(xiàng)新研究中，研究人員們以早期工作為基礎(chǔ)，在早期工作中他們將發(fā)生在RNA及RNA結(jié)合蛋白質(zhì)之間的所有相互作用進(jìn)行編目。這一次，他們僅在細(xì)胞核中研究這些相互作用，同時(shí)獲得關(guān)于核RNA分子結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)。通過結(jié)合這些數(shù)據(jù)集，他們的研究全面分析了可能影響RNA調(diào)控過程的模式，這些調(diào)控過程發(fā)生在這些分子進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)之前，在那里它們轉(zhuǎn)化為蛋白質(zhì)，從而構(gòu)成一個(gè)活的生物體。

    此外，研究人員提供了一個(gè)巨大的、公開可用的數(shù)據(jù)集，其他科學(xué)家可以用來解決關(guān)于他們感興趣的基因及調(diào)控機(jī)制的問題，從而更好了解從DNA到蛋白質(zhì)這一行程的動(dòng)力學(xué)。

    研究小組稱，他們開發(fā)出一種方法，可對(duì)活生物體中RNA和RNA結(jié)合蛋白之間相互關(guān)系獲得一個(gè)完整的目錄。該技術(shù)被稱為PIP-seq，用于蛋白質(zhì)相互作用譜測(cè)序。

    在當(dāng)前的這項(xiàng)研究中，他們使用常用模式植物擬南芥（Arabidopsis thaliana），標(biāo)出了所有RBP相互作用位點(diǎn)，也編譯出RNA轉(zhuǎn)錄子的完整二級(jí)結(jié)構(gòu)。*項(xiàng)研究著眼于細(xì)胞內(nèi)的所有RNA，一套被稱為轉(zhuǎn)錄組的材料，而這項(xiàng)研究卻只著眼于在細(xì)胞核。

    通過特別關(guān)注細(xì)胞核，我們可以避開RNA分子的所有特征——與轉(zhuǎn)錄成蛋白質(zhì)的過程相關(guān)，這個(gè)過程發(fā)生在細(xì)胞質(zhì)中。通過集中研究與RBPs相結(jié)合的RNA部分，該研究小組發(fā)現(xiàn)，這些序列在進(jìn)化史中已經(jīng)變得保守，可能在基因調(diào)控機(jī)制中發(fā)揮重要的作用。

    兩種關(guān)鍵的轉(zhuǎn)錄調(diào)控形式是：可變剪接，其中RNA片段經(jīng)歷了剪切和粘貼過程，以產(chǎn)生可編碼不同蛋白質(zhì)的新序列；和可變聚腺苷酸化，它會(huì)改變一個(gè)轉(zhuǎn)錄子結(jié)束和一個(gè)腺嘌呤“尾巴"添加的位置，這個(gè)過程可以提高RNA分子的穩(wěn)定或降解。