蛋白質是作為生物體生命活動的執行者和體現者，所以從整體角度、全景式地研究不同時期、不同條件下細胞內發生的蛋白質變化具有重要的理論和應用價值，這正是蛋白質組學研究的意義。腫瘤是一種由環境和遺傳因素相互作用的多基因、多蛋白質參與的常見多發病。隨著人類社會的老齡化、工業化程度的加劇和人類生活環境質量的惡化，腫瘤的發生率日益上升，對人類的危害也在不斷升級中。所以闡明腫瘤的發生機制和早診斷早治療已經成為不容緩的課題。利用蛋白質組學技術可以從整體上全面地、動態地、定量地分析比較正常與癌變標本中蛋白質種類和數量的改變，這不僅有助于闡明腫瘤發病機制，還能篩選鑒定出腫瘤蛋白質特異性標記和特異性抗原，應用于腫瘤的早期診斷、早期治療，此外對腫瘤的新藥研制也有重要的指導意義。其在腫瘤研究中的應用有三點：

   1.闡明腫瘤的發病機制：腫瘤的發生涉及癌基因的激活、原癌基因的失活、凋亡抑制等多基因變化，是多種基因和蛋白質相互作用的結果。蛋白質組學技術可為探索腫瘤發病機制提供有力的工具。

   2.篩選、鑒定腫瘤特異性標記和特異性抗原：腫瘤的高危性主要在于早期診斷的困難。就目前研究結果而言，大多數腫瘤均缺乏腫瘤特異性的標志物，或目前臨床使用的腫瘤標志物過于單一，且特異性低，敏感性差。尋找更敏感、更具特異性的腫瘤標志物成為目前工作的當務之急。

   3.在*和藥物開發中的應用：通過蛋白質組學技術提供有效的藥物靶蛋白，這是迄今為止腫瘤藥物篩選研究中、zui有力的手段。目前已知的藥物靶蛋白的數目是400個左右，利用蛋白質組學技術比較研究正常的和癌變的細胞、組織后可發現某些蛋白質出現特異性表達或表達異常，借此，有望在近年將藥物靶蛋白的數目擴大至10000個左右。