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紫外線消毒器（紫外線菌器，紫外線消毒儀）的菌原理是利用紫外線光子的能量破環水體中病毒、以及其它致病體的DNA結構。主要是使DNA中的結構鍵斷裂或發生光化學聚合反應，例如使DNA中THYMINE二聚，從而使病毒、以及其它致病體喪失復制繁殖能力，達到菌的效果。

　　框架式（明渠式）紫外線消毒器是通過布置于開槽溝渠內的紫外消毒模塊上的紫外燈發出中心輻射波長為253.7nm的短波紫外線對流經溝渠的水體進行菌消毒，從而解決處理后的污水指標的超標問題，使終排放水體的學標達到并超過相關排放標準及水質標準要求。

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紫外線菌消毒器可靠、安裝維護簡便紫外線菌消毒器的消毒原理：波長240-270nm的紫外線能打破DNA生產蛋白質、自我復制的能力，、病毒的DNA、RNA收到破壞后其產生蛋白質的能力和繁殖能力也喪失，生命周期很短的和病毒不能繁殖就會迅速死亡以此達到消毒、菌、凈化的效果。

　　紫外線消毒器預輻射：紫外線對有強大的傷力，對人體同樣有的傷害，啟動消毒燈時，應避免對人體直接照射，時可使用防護眼鏡，不可直接用眼睛正視光源，以免灼傷眼膜。

紫外線消毒（Ultraviolet Disinfection）是指利用適當波長的紫外線能夠破壞微生物機體細胞中的DNA（脫氧核糖核酸）或RNA（核糖核酸）的分子結構，造成生長性細胞死亡和（或）再生性細胞死亡，達到殺菌消毒的效果。紫外線消毒可用于供應困難的地區和水處理后對氯的消毒副產物有嚴格限制的場合。