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    聚丙烯酰胺凝膠電泳是以聚丙烯酰胺凝膠作為支持介質的電泳方法。合成聚丙烯酰胺凝膠的原料是丙烯酰胺和甲撐雙丙烯酰胺。丙烯酰胺稱單體，甲撐雙丙烯酰胺稱交聯劑，在水溶液中，單體和交聯劑通過自由基引發的聚合反應形成凝膠。在聚丙烯酰胺凝膠形成的反應過程中，需要有催化劑參加，催化劑包括引發劑和另速劑兩部分。引發劑在凝膠形成中提供始自由基，通過自由基的傳遞，使丙烯酰胺成為自由基，發動聚合反應，加速劑則可加快引發劑放自由基的速度。在這種支持介質上可根據被分離物質分子大小和分子電荷多少來分離。凝膠的篩孔，機械強度及透明度等很大程度上由凝膠的濃度和交聯決定。每100亳升 凝膠溶液中含有單體和交聯劑的總克數稱凝膠濃度，常用T%表達；凝膠溶液中交聯劑 占單體和交聯體總量的百分數稱為交聯度，常用C%表示。a：丙烯酰胺克數； b：甲撐雙丙烯酰胺克數；m：緩沖液體積（毫升） 凝膠濃度過高時，凝膠硬而脆，容易破碎；凝膠濃度太低時，凝膠稀軟，不易操作。 交聯度過高，膠不透明并缺乏彈性；交聯度過低，凝膠呈糊狀。常用的引發劑和加速劑的聚丙烯酰胺凝膠電泳配制如下表： 聚合反應催化劑配伍引發劑加速劑（NH4)2S2O8 TEMED (NH4)2S2O8DMAPN核 黃 素 TEMED 

注：(NH4)2S2O8，過硫酸胺 TEMED：N，N，N，N'; DMAPN：β－二甲基胺基丙晴用過硫酸銨引發的反應稱化學聚合反應；用核黃素引發，需要強光照射反應液， 稱光聚合反應。聚丙烯酰胺聚合反應可受下列因素影響： 
1、大氣中氧能淬滅自由基，使聚合反應終止，所以在聚合過程中要使反應液與空氣 隔絕。 
2、某些材料如有機玻璃，能抑制聚合反應。 
3、某些化學藥物可以減慢反應速度，如赤血鹽。
4、溫度高聚合快，溫度低聚合慢。 以上幾點在制備凝膠時必須加以注意。  

     聚丙烯酰胺凝膠具有較高的粘度，它不防止對流減低擴散的能力，而且因為它具有三 度空間網狀結構，某分子通過這種網孔的能力將取決于凝膠孔隙和分離物質顆粒的大 小和形狀，這是凝膠的分子篩作用。由于這種分子篩作用，這里的凝膠并不僅是單純 的支持物，因此，在電泳過程中除了注意電泳的基本原理以外，還必須注意與凝膠本身有關的各種性質（網孔的大小和形狀等）。可通過下式計算來選擇適當的凝膠網孔。公式中：P為網孔平均直徑，C為多聚體濃度，d為該多聚體分子直徑（若不是卷曲的分 子應為5A），K為常數，K值取決于漲膠的幾何構型，假如多聚體的鏈是以近似于直角 交聯的，則約為1.5根據此式，我們可以通過多聚體濃度C近似地計算出網孔直徑，例如已知多聚體濃度為5%，這樣的計算是粗略的，與實際情況有一定距離，有人測定了總濃度（T）為20%的丙烯酰胺液，在六種不同比例的雙丙烯酰胺存在下，聚合后的網孔大小，發現孔徑與總濃度有關，總濃度愈大，孔徑相應變小，機械 強度增強，與總濃度不變時，甲叉雙丙烯酰胺（Bis)的濃度在5%時孔徑zui小，高于或 低于此值時，聚合體孔徑都相對變大，凝膠孔徑在凝膠電泳中是一個重要的參數，它 往往決定了電泳的分離效果。經過不斷的實踐，得到了如表3所示的經驗值，在一般情況下，大多數生物體內的蛋白質采用7.5%濃 度的凝膠，所得電泳結果往往是滿意的，因此稱由此濃度組成的凝膠為“標準凝 膠”。對那些用于重要研究的凝膠，是通過采用10%的一系列凝膠濃度梯進行預先試驗，以選出zui適凝膠濃度。

    聚丙烯酰胺凝膠有以下優點： 聚丙烯酰胺凝膠是由丙烯酰胺和N，N'甲叉雙丙烯酰胺聚合而成的大分子。凝膠有格子是帶有酰胺側鏈的碳-碳聚合物，沒有或很少帶有離子的側基，因而電滲作用比較小，不易和樣品相互作用。 由于聚丙烯酰胺凝膠是一種人工合成的物質，在聚合前可調節單體的濃度比，形成不同程度交鏈結構，其空隙可在一個較廣的范圍內變化，可以根據要分離物質分子的大小，選擇合適的凝膠成分，使之既有適宜的空隙度，又有比較好的機械性質。一般說來，含丙烯酰胺7-7.5%的凝膠，機械性能適用于分離分子量范圍不1萬至100萬物質，1萬以下的蛋白質則采用含丙烯酰胺15-30%的凝膠，而分子量特別大的可采用含丙烯酰胺4%的凝膠，大孔膠易碎，小孔膠則難從管中取出，因此當丙烯酰胺的濃度增 加時可以減少雙含丙烯酰胺，以改進凝膠的機械性能。 在一定濃度范圍聚丙烯酰胺對熱穩定。凝膠無色透明，易觀察，可用檢測儀直接測定。 聚丙烯酰胺是比較純的化合物，可以精制，減少污染。